典型文献
单核苷酸多态rs386585341影响miR-499a-3p下游调控免疫和血管新生的网络
文献摘要：
目的 发生在microRNA基因前体或成熟序列或靶基因3'非翻译区结合位点的单核苷酸多态性(SNP)可能通过影响microRNA对靶基因的识别调控过程,参与许多疾病如肿瘤、神经系统疾病、肌肥大、心血管疾病等的发生发展过程.本研究采用生物信息学技术分析位于miR-499a-3p种子序列第4位的SNP rs386585341 A＞G可能影响生物学过程及信号通路.方法 应用RNAfold数据库预测rs386585341 A＞G是否影响pre-miR-499a的二级结构,分别构建pre-miR-499a-A和pre-miR-499a-G过表达质粒检测rs386585341 A＞G是否影响成熟miR-499a的表达,利用基因表达谱芯片和生物信息学分析rs386585341 A＞G对miR-499a-3p功能的影响,取差异基因表达谱和TargetScan靶基因交集,分析rs386585341不同等位点miR-499a-3p-A和miR-499a-3p-G靶基因差异.结果 rs386585341 A＞G不影响pre-miR-499a的二级结构,也不影响成熟miR-499a-5p和miR-499a-3p的表达水平,但影响成熟miR-499a-3p调控的靶基因网络.取差异表达基因(DEG)谱行GO和pathway分析,发现miR-499a-3p-A和miR-499a-3p-G展示不同的生物学功能,miR-499a-3p-A的下游基因网络主要富集在免疫调控方面,而miR-499a-3p-G的下游基因网络主要富集在血管新生方面;下调表达基因和TargetScan靶基因交集分析得到4个miR-499a-3p-A直接靶基因(Spry2、Pcnx、Ndufa5及Tcf712),而未能得到miR-499a-3p-G直接靶基因,提示miR-499a-3p种子区域第4号位由A转换成G后,调控靶基因方式可能由促进靶基因mRNA的降解转换为仅抑制靶基因的蛋白翻译.结论 rs386585341 A＞G可能通过影响miR-499a-3p下游调控网络在免疫和血管新生方面发挥功能.
文献关键词：
单核苷酸多态性;微小RNA-499a;生物信息学;靶基因
中图分类号：
作者姓名：
丁素玲;张志伟;杨茜洋;朱宝玲;张伟伟;王翔飞;杨向东
作者机构：
复旦大学附属中山医院心血管研究所,上海市200032;复旦大学附属中山医院生殖医学中心,上海市200032;复旦大学生物医学研究院,上海市200032;复旦大学附属中山医院吴淞医院心内科,上海市200940
文献出处：
引用格式：
[1]丁素玲;张志伟;杨茜洋;朱宝玲;张伟伟;王翔飞;杨向东-.单核苷酸多态rs386585341影响miR-499a-3p下游调控免疫和血管新生的网络)[J].中国动脉硬化杂志,2022(04):295-303
A类：
rs386585341,Spry2,Pcnx,Ndufa5,Tcf712
B类：
miR,499a,3p,血管新生,microRNA,翻译区,结合位点,单核苷酸多态性,SNP,对靶,神经系统疾病,肥大,心血管疾病,生物信息学技术,子序列,生物学过程,RNAfold,pre,二级结构,过表达质粒,响成,基因表达谱芯片,生物信息学分析,差异基因表达,TargetScan,交集,等位,5p,差异表达基因,DEG,pathway,生物学功能,免疫调控,子区域,转换成,调控靶基因,蛋白翻译,调控网络
AB值：
0.175503
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