典型文献
深圳市2016年至2018年猩红热A族链球菌
emm基因型及基因组多态性分析
文献摘要：
目的:明确导致猩红热的A族链球菌(GAS)流行型别，比较不同
emm型别GAS的基因结构及基因变异性，阐明猩红热病原学的流行、进化规律。
方法:回顾性研究。收集2016年1月1日至2018年5月31日深圳市儿童医院诊断为猩红热的儿童咽拭子标本，保存GAS菌株，进行
emm基因分型，选取在分型上具有代表性的菌株进行全基因组测序，通过比较基因组学分析，描述GAS菌株基因组多态性，并基于单核苷酸多态性(SNP)位点分析构建遗传进化树，阐明菌株之间的进化关系。2组比较采用秩和检验。
结果:在导致儿童猩红热的176株GAS分离株中，共检测到8种
emm型别，
emm12.0及其亚型(108/176株，61.4%)占比最高，其次为
emm1.0及其亚型(53/176株，30.1%)，两者共占91.5%。以GCA-900984775为参考序列进行比较基因组分析显示，GAS菌株基因组之间存在丰富的SNP和插入或缺失(InDel)多态性，
emm12.0型菌株SNP数[183(163，213)个]大于
emm1.0型菌株SNP数[63(54，75)个]，差异有统计学意义(
P<0.05)；InDel分析中，
emm12.0型菌株基因序列插入数[4(3，6)个]和缺失数[8(6，10)个]大于
emm1.0型菌株[1(0，2)个，5(3，7)个]。以MGAS5005参考序列，基于SNP的分析结果构建进化树得出18株菌株及参考菌株处于2个分支。
结论:引起儿童猩红热的GAS菌株型别以
emm12.0型、
emm 1.0型多见，不同型别菌株基因组组成之间存在差异，
emm12.0型菌株存在较高的遗传多样性。
文献关键词：
猩红热;A族链球菌;emm分型
;基因组多态性;儿童
中图分类号：
作者姓名：
高外外;禹定乐;王文建
作者机构：
中国医科大学深圳市儿童医院呼吸科，深圳 518038
文献出处：
引用格式：
[1]高外外;禹定乐;王文建-.深圳市2016年至2018年猩红热A族链球菌
emm基因型及基因组多态性分析
)[J].中华实用儿科临床杂志,2022(21):1655-1659
A类：
emm12,emm1,MGAS5005
B类：
猩红热,链球菌,基因型,基因组多态性,多态性分析,型别,基因结构,基因变异,变异性,热病,病原学,进化规律,回顾性研究,儿童医院,咽拭子,基因分型,全基因组测序,比较基因组学分析,单核苷酸多态性,SNP,遗传进化树,进化关系,秩和检验,分离株,GCA,参考序列,比较基因组分析,InDel,基因序列,参考菌株,株型,组组,遗传多样性
AB值：
0.196737
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