典型文献
基于生物信息学分析PRKCD在肝细胞癌组织中的表达及临床意义
文献摘要：
目的:基于生物信息学分析蛋白激酶Cδ(PKCδ,PRKCD)在肝细胞癌组织中的表达及临床意义,以期为寻找肝细胞癌的临床诊疗潜在分子标志物和靶点提供参考.方法:利用The Cancer Genome Atlas(TCGA)和UCSC Xena平台获取肝细胞癌和癌旁组织中PRKCD的mRNA表达量和临床数据,比较PRKCD mRNA在两组样本中的表达差异;利用Human Protein Atlas数据库分析PRKCD蛋白在肝细胞癌和癌旁组织中的表达差异;利用TCGA分析PRKCD mRNA表达与肝细胞癌临床病理特征和预后的相关性;利用TCGA数据库对肝细胞癌中PRKCD表达进行GSEA富集分析,并从遗传和表观遗传学的观点分析PRKCD表达变化的原因.结果:PRKCD在肝细胞癌组织中的mRNA和蛋白质水平均显著高于癌旁组织;PRKCD表达与TNM分期、组织学级别、甲胎蛋白含量和患者生存状态相关,并且其表达水平具有一定的临床诊断准确性;Kaplan-Meier分析显示PRKCD低表达患者的预后显著优于高表达患者;单因素和多因素Cox回归分析显示,PRKCD是肝细胞癌患者独立预后因素,且TNM为Ⅲ和Ⅳ期生存曲线的风险比显著大于Ⅰ和Ⅱ期;GSEA分析显示PRKCD主要富集在细胞周期和DNA复制等过程,并与两者呈正相关性,且PRKCD主要参与了趋化因子、NOD样受体、PPAR、脂肪细胞因子和T细胞受体信号通路;遗传和表观遗传分析显示PRKCD表达水平与其基因的拷贝数呈正相关,但与其甲基化水平呈负相关.结论:PRKCD基因在肝细胞癌组织中表达上调,且其表达上调与患者预后不良具有显著相关性.
文献关键词：
蛋白激酶Cδ(PKCδ;PRKCD);肝细胞癌;生物信息学分析;预后
中图分类号：
作者姓名：
胡连涛;邓文俊;孙跞;鹿士振;李学斌;黎楚豪;王绎博;王欣然;李玥;王伟群
作者机构：
佳木斯大学基础医学院,黑龙江 佳木斯 154007;黑龙江省微生物?免疫调解网络与相关疾病重点实验室,黑龙江 佳木斯1540073;佳木斯大学第一临床医学院,黑龙江 佳木斯 154007
文献出处：
引用格式：
[1]胡连涛;邓文俊;孙跞;鹿士振;李学斌;黎楚豪;王绎博;王欣然;李玥;王伟群-.基于生物信息学分析PRKCD在肝细胞癌组织中的表达及临床意义)[J].海南医学院学报,2022(14):1088-1095
A类：
B类：
生物信息学分析,PRKCD,肝细胞癌,癌组织,蛋白激酶,PKC,临床诊疗,分子标志物,Cancer,Genome,Atlas,TCGA,UCSC,Xena,癌旁组织,临床数据,表达差异,Human,Protein,数据库分析,临床病理特征,GSEA,富集分析,表观遗传学,表达变化,蛋白质水平,TNM,学级,甲胎蛋白,蛋白含量,生存状态,诊断准确性,Kaplan,Meier,低表达,Cox,独立预后因素,生存曲线,风险比,细胞周期,趋化因子,NOD,样受体,PPAR,脂肪细胞因子,细胞受体,遗传分析,拷贝数,甲基化水平,组织中表达,预后不良,显著相关性
AB值：
0.284757
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