典型文献
基于mtDNA Cytb基因和D-loop区序列的陕西林麝遗传多样性分析
文献摘要：
[目的]探究陕西林麝群体的遗传多样性,了解林麝的遗传信息.[方法]采集林麝毛发提取DNA,测定43只林麝个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,Cytb)基因和非编码序列置换环(D-loop)区序列,统计碱基组成,使用ClustalX 2.0软件对所有序列进行整合比对,以获得群体中的核苷酸多态位点(SNP);利用DNASP 5.10软件统计种群核苷酸多样性(Pi)、序列的单倍型数(H)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异数(K)等参数;利用Mega 7.0软件计算Cytb基因和D-loop区序列不同单倍型间遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树.[结果]Cytb基因和D-loop区序列中AT含量均高于GC含量,显示碱基组成具有偏好性;在Cytb基因和D-loop区内分别发现241和383个SNPs位点.其中,Cytb基因和D-loop区核苷酸多样性分别为0.28343和0.07707,单倍型多样性分别为0.983和0.975,表明其群体遗传多样性丰富;Cytb基因35个单倍型之间的遗传距离为0.002～0.831,D-loop区29个单倍型之间的遗传距离为0.006～1.342.系统进化树结果显示,林麝存在2个线粒体支系,表明其具有2个线粒体母系来源;D-loop区的进化分析也支持这一结论.[结论]林麝群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,遗传多样性较丰富,同时进一步支持了林麝和原麝属于一个分支的观点.
文献关键词：
林麝;线粒体DNA;Cytb基因;D-loop区;遗传多样性
中图分类号：
作者姓名：
刘晓玮;李瑞香;王兴龙;李晓
作者机构：
西北农林科技大学动物科技学院,杨凌712100;动物疫病预防控制中心,临渭714000;西北农林科技大学动物医学院,杨凌712100
文献出处：
引用格式：
[1]刘晓玮;李瑞香;王兴龙;李晓-.基于mtDNA Cytb基因和D-loop区序列的陕西林麝遗传多样性分析)[J].中国畜牧兽医,2022(04):1352-1363
A类：
DNASP
B类：
mtDNA,Cytb,loop,西林,林麝,遗传多样性分析,遗传信息,毛发,细胞色素,cytochrome,非编码,编码序列,碱基组成,ClustalX,多态位点,核苷酸多样性,Pi,Hd,异数,Mega,软件计算,遗传距离,Neighbor,Joining,NJ,系统进化树,AT,偏好性,SNPs,单倍型多样性,群体遗传,支系,母系,进化分析,原麝
AB值：
0.303726
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