典型文献
基于SNP芯片监测通城猪的保种效果
文献摘要：
旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测.本研究利用"中芯一号"50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果:1)群体结构.通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2)遗传多样性.估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),综合评估保种效果.结果显示:1)保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2)基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28％,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31;20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头;ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80％的长度在15～20 Mb之间;基因组近交系数为0.04％,具较低水平的近交程度.通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效保护.
文献关键词：
通城猪;保种;群体结构;遗传多样性
中图分类号：
作者姓名：
袁娇;徐国强;周翔;徐三平;李胜;黎望明;刘榜
作者机构：
华中农业大学动物科学技术学院,武汉430070;华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,武汉430070;生猪健康养殖省部共建协同创新中心,武汉430070;湖北省地方猪品种改良工程技术研究中心,武汉430070;通城县国营种畜场,通城437400
文献出处：
引用格式：
[1]袁娇;徐国强;周翔;徐三平;李胜;黎望明;刘榜-.基于SNP芯片监测通城猪的保种效果)[J].畜牧兽医学报,2022(08):2514-2523
A类：
B类：
SNP,通城猪,保种效果,信息分析,群体结构,遗传多样性,研究利用,50K,全基因组,遗传距离,亲缘关系,公猪,家系,等位基因频率,多态信息含量,多态性,杂合度,核苷酸多样性,杂合性,参数估计,有效群体,runs,homozygosity,ROH,亲缘系数,世代,前世,Mb,基因组近交系数,纯种
AB值：
0.248687
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