典型文献
郏县红牛POLB基因克隆及生物信息学分析
文献摘要：
[目的]克隆郏县红牛DNA聚合酶β(DNA polymerase beta,POLB)基因,并对其进行生物信息学分析.[方法]以郏县红牛肌肉组织cDNA为模板,通过PCR方法克隆POLB基因完整CDS区序列;利用在线软件进行遗传距离分析并构建系统进化树,分析POLB蛋白的理化性质、疏水性、磷酸化位点、跨膜结构、信号肽、二级结构、三级结构和互作蛋白.[结果]郏县红牛POLB基因CDS区序列全长1008 bp,编码335个氨基酸.系统进化树分析表明,郏县红牛POLB基因氨基酸序列与绵羊等反刍动物的亲缘关系最近,与其他哺乳类动物和禽类次之,与斑马鱼(鱼类)最远.郏县红牛POLB蛋白分子质量为38.26 ku,理论等电点(pI)为9.10,半衰期为30 h,不稳定系数为31.06,总平均亲水系数为--0.659,属于稳定的亲水性蛋白;磷酸化位点预测分析发现,郏县红牛POLB蛋白包含17个丝氨酸磷酸化位点、12个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点;跨膜区和信号肽预测结果显示,郏县红牛POLB蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白;二级结构和三级结构预测发现,其主要包含α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲4种结构;在线软件预测结果表明,POLB蛋白与XRCC1、FEN1、PARP1和LIG3等为互作蛋白.[结论]本研究成功克隆了郏县红牛POLB基因CDS序列,其与绵羊亲缘关系最近;POLB蛋白为无跨膜结构、无信号肽的亲水性蛋白,与XRCC1蛋白互作程度最高,结果可为进一步探究POLB基因生物学功能提供参考.
文献关键词：
郏县红牛;POLB基因;克隆;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
李玉龙;吕世杰;翟亚莹;张志杰;朱肖亭;张子敬;陈付英;施巧婷;王二耀
作者机构：
河南农业大学动物科技学院,郑州450002;河南省农业科学院畜牧兽医研究所,河南省畜禽繁育与营养调控重点实验室,郑州450002
文献出处：
引用格式：
[1]李玉龙;吕世杰;翟亚莹;张志杰;朱肖亭;张子敬;陈付英;施巧婷;王二耀-.郏县红牛POLB基因克隆及生物信息学分析)[J].中国畜牧兽医,2022(03):887-896
A类：
POLB,LIG3
B类：
郏县红牛,基因克隆,生物信息学分析,polymerase,beta,肌肉组织,cDNA,CDS,遗传距离,建系,疏水性,膜结构,信号肽,二级结构,三级结构,互作蛋白,全长,bp,系统进化树分析,氨基酸序列,绵羊,反刍动物,亲缘关系,哺乳类,类动物,禽类,斑马鱼,鱼类,最远,分子质量,ku,等电点,pI,半衰期,不稳定系数,亲水性,点预测,预测分析,白包,丝氨酸,苏氨酸,酪氨酸磷酸化,跨膜蛋白,分泌型蛋白,结构预测,无规则,卷曲,软件预测,XRCC1,FEN1,PARP1,蛋白互作,生物学功能
AB值：
0.254784
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