典型文献
水牛TRAIL基因克隆及生物信息学分析
文献摘要：
[目的]对水牛肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)相关凋亡诱导配体(TNF-related apotosis-inducing ligand,TRAIL)基因CDS序列进行克隆及序列分析,并对其编码的蛋白进行生物信息学分析,为后期TRAIL蛋白调控水牛卵巢卵泡发育、颗粒细胞增殖及凋亡的研究奠定基础.[方法]利用RT-PCR方法克隆水牛TRAIL基因CDS序列,对所获序列进行核苷酸序列、氨基酸序列相似性比对,构建系统进化树,并通过生物信息学软件分析TRAIL基因编码蛋白的结构和功能.[结果]试验成功克隆水牛TRAIL基因CDS序列,长864 bp,编码287个氨基酸;水牛TRAIL基因与牦牛、普通牛、山羊、绵羊、野猪、马、人、黑猩猩和家鼠的核苷酸序列相似性分别为 99.2％、99.3％、95.9％、96.3％、84.7％、84.8％、81.3％、81.3％和 70.0％.系统进化树结果表明,水牛与牦牛、普通牛的亲缘关系最近,与家鼠亲缘关系最远.氨基酸序列比对结果表明,在不同物种间,其跨膜结构域和TNF结构域序列保守性较高.TRAIL蛋白属于亲水性蛋白,存在1个跨膜结构域,140-285位氨基酸处为TNF区,具有29个磷酸化位点,无信号肽和糖基化位点,主要定位于细胞质中.TRAIL蛋白二级结构主要以无规则卷曲为主,约占51.57％,其次为延伸链(24.39％)和a-螺旋(24.04％).TRAIL蛋白三级结构与二级结构一致,且与模型蛋白人TRAIL蛋白的相似性为75.53％.[结论]本试验克隆得到水牛TRAIL基因CDS区序列,大小为864 bp,编码287个氨基酸,水牛与牦牛、普通牛亲缘关系最近,TRAIL蛋白跨膜结构域和TNF结构域在不同物种间序列保守性较高,这可能与其功能有关.
文献关键词：
水牛;TRAIL基因;克隆;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
徐媛媛;莫霞;黄晨茜;冯超;陆杏蓉;马小娅;杨春艳;郑海英;尚江华
作者机构：
中国农业科学院广西水牛研究所,广西水牛遗传繁育重点实验室,南宁530001;农业农村部水牛遗传繁育技术重点实验室,南宁530001
文献出处：
引用格式：
[1]徐媛媛;莫霞;黄晨茜;冯超;陆杏蓉;马小娅;杨春艳;郑海英;尚江华-.水牛TRAIL基因克隆及生物信息学分析)[J].中国畜牧兽医,2022(10):3693-3703
A类：
apotosis
B类：
水牛,TRAIL,基因克隆,生物信息学分析,tumor,necrosis,凋亡诱导,related,inducing,ligand,CDS,序列分析,控水,卵泡发育,颗粒细胞增殖,建系,系统进化树,生物信息学软件,基因编码,编码蛋白,结构和功能,bp,牦牛,山羊,绵羊,野猪,黑猩猩,家鼠,亲缘关系,最远,氨基酸序列比对,种间,跨膜结构域,保守性,亲水性,磷酸化,信号肽,糖基化位点,细胞质,蛋白二级结构,无规则,卷曲,三级结构,白人,蛋白跨膜结构
AB值：
0.273566
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