典型文献
绵羊睾丸差异基因及蛋白质互作网络关系研究
文献摘要：
[目的]整合分析多个绵羊睾丸转录组数据集,揭示绵羊睾丸差异基因及蛋白质互作网络关系,以期探索影响绵羊精子生成的关键基因,为绵羊的繁殖提供理论参考.[方法]对74个绵羊睾丸转录组进行生物信息学分析,通过limma软件包进行差异基因分析,使用WGCNA构建加权绵羊睾丸差异基因共表达网络,并通过MCODE计算网络中重要基因;利用Metascape进行功能富集分析,利用Cytoscape插件AutoAnnotate识别基因集簇.[结果]最终筛选到11 884个基因,构建237 366对蛋白质互作关系;对2 058个差异基因构建蛋白质互作网络,产生46 169对蛋白质互作关系,确定了 4个得分最高的基因集合.对2 058个差异基因构建加权共表达网络,共获得7个模块,其中Blue模块内有929个基因,功能富集分析发现显著富集于雄性配子产生、繁殖、精子发生、鞭毛运动和AMPK信号通路等,且富集结果高度连接并聚成一个完整的网络,最终确定了 25个参与精子发生和精子细胞发育过程的关键基因.[结论]本研究揭示了绵羊睾丸表达基因的蛋白质互作网络和多维差异基因的蛋白质互作网络,最终找到与睾丸精子发生相关且有互作关系的25个基因,为绵羊繁殖研究提供理论依据.
文献关键词：
绵羊;睾丸差异基因;蛋白质互作网络;关键基因集;精子发生
中图分类号：
作者姓名：
刘在霞;段仕;孙燕勇;吕琦;付绍印;何小龙;张文广;刘永斌
作者机构：
内蒙古农业大学动物科学学院,内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室,呼和浩特010018;内蒙古自治区农业基因组大数据工程研究中心,呼和浩特010018;和田师范专科学校,和田848000;内蒙古自治区农牧业科学院,呼和浩特010031
文献出处：
引用格式：
[1]刘在霞;段仕;孙燕勇;吕琦;付绍印;何小龙;张文广;刘永斌-.绵羊睾丸差异基因及蛋白质互作网络关系研究)[J].中国畜牧兽医,2022(01):1-11
A类：
睾丸差异基因,AutoAnnotate
B类：
绵羊,蛋白质互作网络,网络关系,整合分析,转录组数据,精子生成,生物信息学分析,limma,软件包,差异基因分析,WGCNA,基因共表达网络,MCODE,计算网络,Metascape,功能富集分析,Cytoscape,插件,互作关系,加权共表达网络,共获,Blue,配子,精子发生,鞭毛,AMPK,集结,结果高度,精子细胞,细胞发育,表达基因,睾丸精子,关键基因集
AB值：
0.261622
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