典型文献
基于RAD-seq静原鸡保种群体的遗传变异分析
文献摘要：
旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因.本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SNP标记计算观察杂合度(Ho)、群体内核酸多态性(Pi)、群体的平均近交系数(Fis)等指标,分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构,并通过选择性清除分析和全基因组关联分析(GWAS)筛选出候选基因,利用KOBAS对候选基因进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因.测序结果表明,静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data,Q30达到93％以上.遗传多样性分析表明,白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238 533、233 562和240 820个SNPs标记,Ho、Pi和Fis分别在0.273 2～0.278 2、0.304 9～0.309 6和0.096 1～0.109 8之间.群体结构分析表明,静原鸡根据不同羽色分为不同类群.通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个(FZD4、WNT16、EDNRB、TYR、KRA S、CTNNB1、DDC、MC1R、CAMK2A、PRKCB、PRKCA)与静原鸡羽色相关的候选基因,富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关.综上所述,本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状,为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础.同时,筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因,为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点.
文献关键词：
静原鸡;RAD-seq;遗传多样性分析;选择性清除分析;全基因组关联分析
中图分类号：
作者姓名：
马丽霞;曹国伟;朱红芳;邓占钊;蔡正云;周成浩;韩威;顾亚玲;张娟
作者机构：
宁夏大学农学院,银川750021;彭阳县畜牧技术推广服务中心,固原756599;彭阳县动物卫生监督所,固原756599;江苏省家禽科学研究所国家级地方鸡种基因库,扬州225125
文献出处：
引用格式：
[1]马丽霞;曹国伟;朱红芳;邓占钊;蔡正云;周成浩;韩威;顾亚玲;张娟-.基于RAD-seq静原鸡保种群体的遗传变异分析)[J].畜牧兽医学报,2022(07):2104-2117
A类：
选择性清除分析,WNT16,KRA,CAMK2A
B类：
RAD,seq,静原鸡,保种群体,遗传变异分析,特征性状,候选基因,研究利用,日龄,羽色,个个,母鸡,公鸡,杂合度,Ho,群体内,多态性,Pi,近交系数,Fis,全基因组关联分析,GWAS,KOBAS,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,通路富集,出调,Gb,Clean,Data,Q30,遗传多样性分析,SNPs,群体结构分析,鸡根,不同类群,FZD4,EDNRB,TYR,CTNNB1,DDC,MC1R,PRKCB,PRKCA,色相,集结,黑色素生成,酪氨酸,酸代谢,Wnt,信号传导,综上所述,遗传资源保护,品系,遗传标记,基因靶点
AB值：
0.337966
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
