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基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因
文献摘要：
本研究旨在探究参与白藜芦醇(Resveratrol,RES)诱导猪卵巢颗粒细胞(Porcine Ovarian Granulosa Cells,pGCs)凋亡的可变剪接基因.实验以50、100μmol/L RES处理pGCs,并设置空白对照,利用转录组测序(RNA-seq)技术分析3组之间差异可变剪接基因的表达谱,对差异可变剪接基因进行GO和KEGG富集分析,通过qRT-PCR验证RNA-seq数据.结果表明,与对照组相比,低浓度组有198种基因参与了236个可变剪接事件,高浓度组有603种基因发生了779个可变剪接事件.在log2|FoldChange|>1、P<0.05条件下,分别在低浓度组筛选到6个、高浓度组筛选到35个差异可变剪接基因.GO分析显示,差异可变剪接基因主要参与生物学过程条目.KEGG分析发现,显著富集的通路均与激素分泌及代谢途径相关,如卵巢类固醇生成信号通路、氨基酸代谢相关信号通路等.进一步从中筛选出可能参与RES诱导pGCs凋亡的关键基因(AKR1C1、GLUL、SARDH、MADD基因).综上,RES通过影响pGCs中基因的可变剪接,从而影响相关信号通路和生物学功能;同时,筛选出的关键基因可作为进一步研究RES调控pGCs凋亡机制的候选靶标.
文献关键词：
白藜芦醇;颗粒细胞;转录组测序;可变剪接;猪
中图分类号：
作者姓名：
章会斌;韩政;刘阳光;周忍;陈一歌;许黎明;徐启隆;殷宗俊;张晓东
作者机构：
安徽农业大学动物科技学院,安徽合肥 230036;地方畜禽遗传资源保护与生物育种安徽省重点实验室,安徽合肥 230036
文献出处：
引用格式：
[1]章会斌;韩政;刘阳光;周忍;陈一歌;许黎明;徐启隆;殷宗俊;张晓东-.基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因)[J].中国畜牧杂志,2022(08):36-44
A类：
Granulosa,pGCs,GLUL,SARDH
B类：
seq,白藜芦醇,卵巢颗粒细胞凋亡,可变剪接,Resveratrol,RES,Porcine,Ovarian,Cells,空白对照,转录组测序,表达谱,富集分析,qRT,log2,FoldChange,生物学过程,条目,激素分泌,代谢途径,类固醇,氨基酸代谢,关键基因,AKR1C1,MADD,生物学功能,靶标
AB值：
0.219418
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