典型文献
基于单细胞转录组测序技术筛选牛体内囊胚性别特异性基因
文献摘要：
[目的]探究牛体内雌性和雄性囊胚在mRNA水平上的特异性差异,挖掘雌性和雄性囊胚发育差异相关候选基因.[方法]参考GenBank中牛牙釉质基因(AMEL)序列(AMELX基因,登录号:NM_001014984.1;AMELY基因,登录号:NM_174240.2)设计引物,以胚胎内细胞DNA为模板,采用巢式PCR扩增技术鉴定单个牛体内囊胚的性别.选用确定性别的单个雌性和雄性囊胚为试验材料,采用Smart-Seq2扩增技术构建单个胚胎测序文库,应用Illumina HiSeq Xten高通量测序平台对单个胚胎进行单细胞转录组测序(scRNA-Seq),并进行了基因差异表达、GO功能和KEGG通路分析.[结果]通过巢式PCR扩增胚胎内细胞中的AMEL基因,确定了胚胎性别;基因表达分析筛选出两组之间差异表达基因(DEGs)6 160个,其中雌性特异性基因675个,雄性特异性基因305个;GO功能注释发现雌性特异性基因显著注释在核苷酸结合、信号转导调控、多细胞生物发育、细胞骨架等条目,雄性特异性基因显著注释在氧化磷酸化、线粒体、线粒体内膜、核糖体等条目;KEGG通路富集分析发现7条与雌性和雄性囊胚发育差异相关的通路,分别为代谢途径、糖酵解、磷酸戊糖途径、细胞衰老、氧化磷酸化、调节干细胞多能性的信号通路和Wnt信号通路;并利用GO和KEGG结果筛选出5个在牛体内囊胚期胚胎发育过程中具有直接或间接作用的基因:FBP1、GADD45G、FHL2、FOSB和WNT2B.[结论]牛体内雌性和雄性囊胚之间存在广泛的转录差异,性别特异性基因FBP1、GADD45G、FHL2、FOSB和WNT2B可能是直接或间接影响胚胎发育的关键基因.
文献关键词：
牛体内囊胚;单细胞转录组测序(scRNA-Seq);性别特异性基因;富集分析
中图分类号：
作者姓名：
崔宝山;黄飞;王杰;李楠;高庆华
作者机构：
塔里木大学动物科学与技术学院,阿拉尔843300;塔里木大学生命科学与技术学院,阿拉尔843300;新疆生产建设兵团塔里木畜牧科技重点实验室,阿拉尔843300
文献出处：
引用格式：
[1]崔宝山;黄飞;王杰;李楠;高庆华-.基于单细胞转录组测序技术筛选牛体内囊胚性别特异性基因)[J].中国畜牧兽医,2022(12):4573-4581
A类：
牛体内囊胚,性别特异性基因,AMEL,AMELX,AMELY,Xten,FBP1,GADD45G,FHL2
B类：
单细胞转录组测序,转录组测序技术,技术筛选,雌性,胚发育,发育差异,异相,候选基因,GenBank,牙釉质,登录号,NM,引物,技术鉴定,定单,Smart,Seq2,技术构建,序文,文库,Illumina,HiSeq,高通量测序平台,scRNA,基因差异表达,通路分析,胚胎性,基因表达分析,差异表达基因,DEGs,雄性特异,功能注释,信号转导,导调,多细胞,细胞骨架,条目,氧化磷酸化,内膜,核糖体,通路富集分析,代谢途径,糖酵解,磷酸戊糖途径,细胞衰老,Wnt,囊胚期胚胎,胚胎发育,间接作用,FOSB,WNT2B,间接影响,关键基因
AB值：
0.232583
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