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河弧菌可移动遗传元件的预测与分析
文献摘要：
目的 研究河弧菌中可移动遗传元件的种类和分布,探究其对河弧菌适应性进化的意义.方法 从公共数据库中获取170株河弧菌的基因组数据,使用MGEfinder软件识别河弧菌中的可移动遗传元件,并对其种类、插入活性、分布及毒力因子进行研究.结果 170株河弧菌基因组中共识别到1 227个可移动遗传元件.这些元件可归类为完整噬菌体、不完整噬菌体、插入序列、含有第二类内含子的元件、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件、只含有编码基因的元件以及不含任何开放读码框的元件共8类.317个代表性元件序列簇中有307个转座活性都较低,但高转座活性的可移动遗传元件在河弧菌中分布更广泛.可移动遗传元件携带的编码基因的功能主要涉及基因复制、重组、修复,以及基因转录等.可移动遗传元件在环境分离株和临床分离株的分布没有差异.在插入序列、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件以及只含有编码基因的元件这4种可移动遗传元件中识别到多种毒力因子,且不同的可移动遗传元件携带的毒力因子不同.结论 河弧菌含有多种类型、多种功能的可移动遗传元件,表现出以高转座活性可移动遗传元件为主导的适应性进化特征.
文献关键词：
河弧菌;可移动遗传元件;水平基因转移;毒力;生存
中图分类号：
作者姓名：
黄元铭;李臻鹏;程倩;韩雨;梁未丽
作者机构：
中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制国家重点实验室,北京102206
文献出处：
引用格式：
[1]黄元铭;李臻鹏;程倩;韩雨;梁未丽-.河弧菌可移动遗传元件的预测与分析)[J].疾病监测,2022(05):591-597
A类：
河弧菌,MGEfinder
B类：
可移动遗传元件,适应性进化,公共数据库,基因组数据,软件识别,毒力因子,噬菌体,插入序列,第二类,内含子,丝氨酸,酪氨酸,重组酶,重复序列,编码基因,读码,转座,基因复制,基因转录,临床分离株,多种类型,多种功能,进化特征,水平基因转移
AB值：
0.183224
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