典型文献
16株军团菌全基因组比较及重要毒力因子分析
文献摘要：
目的 运用生物信息学方法,分析军团菌参考菌株全基因组序列,了解军团菌基因组特征,比较不同菌株间的毒力因子、耐药基因以及种系发生,为进一步研究军团菌基因组流行病学、遗传进化提供数据.方法 选择NCBI公共数据库中基因组序列完整、背景清楚、不同来源(临床、外环境)和不同种的代表性军团菌16株,运用开源基因组数据分析平台RAST、MAUVE、VFDB、CARD等进行生物信息学分析.结果 16株参考菌株基因组大小在(3.13～4.23)Mbp,编码基因(CDSs)3 018～3 954个,划分为265～387个亚系统.同种军团菌基因组结构基本相同,非嗜肺军团菌(非LP)不同菌株之间基因组结构差异大,同时存在较多非保守区域.嗜肺军团菌血清Ⅰ型(LP1)和米克戴德军团菌(L.micdadei)各属于1个种系进化主分枝,LP1细分为3个小分枝.临床分离的LP1携带的毒力因子类别和数量最多.菌株YU237缺失Dot/Icm T4BSS分泌系统,其余参考菌株都具有分泌系统的4种毒力因子,临床分离的LP1携带的T4BSS效应蛋白毒力因子数量为31～35个,其它参考菌株3～5个.16株参考菌株都携带有adeF耐药基因,部分菌株携带有LpeA、LpeB、FEZ-1耐药基因.结论 不同种的军团菌基因组存在差异,而种内相对保守;相对于临床分离株,外环境非LP不同菌株基因组种间差异大.LP1军团菌存在遗传分化现象.毒力因子种类和数量跟LP1军团菌的致病力相关,特别是T4BSS效应蛋白.全基因组生物信息分析技术,可以对可能的耐药基因进行预测,为临床治疗提供辅助参考,同时可以解析病原菌的遗传和功能特征.
文献关键词：
军团菌;参考菌株;全基因组;生物信息分析
中图分类号：
作者姓名：
陈爱平;张拥军
作者机构：
重庆医药高等专科学校,重庆401331;高致病性病原微生物重庆市重点实验室,重庆 400042
文献出处：
引用格式：
[1]陈爱平;张拥军-.16株军团菌全基因组比较及重要毒力因子分析)[J].中国人兽共患病学报,2022(10):854-861
A类：
MAUVE,CDSs,micdadei,YU237,Icm,T4BSS,adeF,LpeA,LpeB,FEZ
B类：
基因组比较,生物信息学方法,参考菌株,全基因组序列,基因组特征,耐药基因,种系发生,基因组流行病学,遗传进化,NCBI,公共数据库,不同来源,外环境,开源,基因组数据,分析平台,RAST,VFDB,CARD,生物信息学分析,基因组大小,Mbp,编码基因,亚系,基因组结构,基本相同,嗜肺军团菌,结构差异,LP1,米克,德军,分枝,毒力因子类,Dot,分泌系统,效应蛋白,种内,临床分离株,种间差异,遗传分化,分化现象,致病力,生物信息分析,功能特征
AB值：
0.239833
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