典型文献
葡萄膜恶性黑色素瘤转移相关的非编码RNA表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析
文献摘要：
目的:利用生物信息学方法分析与葡萄膜恶性黑色素瘤转移相关的非编码RNA,以及它们作为竞争性内源RNA的作用机制.方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载80例葡萄膜恶性黑色素瘤患者的RNA测序数据和临床资料,采用edgeR算法分析转移与非转移患者组织中差异表达(differentially expressed,DE)的长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miR)和mRNA,并构建lncRNA-miR-mRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,基因富集分析和通路分析研究网络中mRNA的生物学功能.Kaplan-Meier生存曲线分析ceRNA网络中核心RNA与生存率的关系.结果:从发生远处转移的葡萄膜恶性黑色素瘤样本中,共鉴定出346个上调的mRNA,118个下调的miR和45个上调的lncRNA.其中67个mRNA,7个miR和30个lncRNA相互组合形成616个ceRNA单元,并形成了一个具有181条边线ceRNA网络.基因富集分析表明:网络中的mRNA富集在肿瘤生成和转移相关的几个基因本体(Gene Ontology)和信号通路.拓扑分析确定了6个核心lncRNA(LINC00861、LINC02421、BHLHE40-AS1、LINC01252、LINC00513和LINC02389)和3个核心mRNA(UNC5D、BCL11B和MTDH).所有核心lncRNA、核心mRNA的表达水平和5个miR(miR-221、miR-222、miR-506、miR-507、miR-876)的表达水平均与总体生存率显著相关(均P<0.05).结论:本研究揭示了几种lncRNA及其相关的ceRNA网络在葡萄膜恶性黑色素瘤转移中的作用,为进一步研究葡萄膜恶性黑色素瘤的发生和/或转移提供了新的方向.
文献关键词：
葡萄膜恶性黑色素瘤;转移;竞争性内源RNA;长链非编码RNA
中图分类号：
作者姓名：
陈晓云;杨伟敏;邓小茜;季娴;肖伟
作者机构：
中山大学中山眼科中心,眼科学国家重点实验室,广东省眼科视觉科学重点实验室,广州 510060
文献出处：
引用格式：
[1]陈晓云;杨伟敏;邓小茜;季娴;肖伟-.葡萄膜恶性黑色素瘤转移相关的非编码RNA表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析)[J].眼科学报,2022(01):25-35
A类：
葡萄膜恶性黑色素瘤,LINC00861,LINC02421,BHLHE40,LINC01252,LINC00513,LINC02389,UNC5D
B类：
黑色素瘤转移,移相,表达谱,竞争性,调控网络分析,利用生物,生物信息学方法,癌症基因组图谱,Cancer,Genome,Atlas,TCGA,下载,序数,edgeR,算法分析,患者组织,差异表达,differentially,expressed,DE,长链非编码,lncRNA,miR,competing,endogenous,ceRNA,基因富集分析,通路分析,研究网络,生物学功能,Kaplan,Meier,生存曲线分析,远处转移,边线,基因本体,Gene,Ontology,拓扑分析,AS1,BCL11B,MTDH,总体生存率
AB值：
0.229194
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
