典型文献
葡萄膜黑色素瘤生存预后相关lncRNA的初步筛选及相关性分析
文献摘要：
目的：:通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的内源竞争RNA（ceRNA）网络，筛选与葡萄膜黑色素瘤（UM）生存预后相关的长链非编码RNA（lncRNA），并进行相关性分析。方法：:以生物信息学为手段，通过疾病预后相关分析，LncRNA亚细胞定位检索，从肿瘤基因组图谱数据库中筛选lncRNA表达数据集。通过mircode数据库和targetscan数据库找到lncRNAs对应的靶microRNA（miRNA），Venn分析筛选出共同的与UM预后相关的miRNA。在多个数据库中同时检索，筛选出共同的miRNA-mRNA。通过KEGG富集与lncRNA-miRNA-mRNA网络可视化，最终确定出与UM生存预后相关的候选lncRNA。结果：:在对lncRNA的下游靶miRNA及功能基因的预测中，鉴定出了630对候选miRNA-mRNA。通过ceRNA调控基因表达的机制，筛选出了9个可能发挥ceRNA功能的lncRNA。KEGG分析得到lncRNA的下游调控基因主要富集在参与肿瘤病理进程的信号通路中。SHNG6可能通过调控has-miR-214-5p、has-miR-214-3p、has-miR-let-7b-5p、has-miR-let-7c-3p等miRNAs，调节下游的功能基因
BAX、
IGF1R、
KRAS、
PIK3R1、
PDGFD等。
结论：:lncRNAs通过ceRNAs机制，调控一系列参与肿瘤发生发展的致癌基因的表达，影响UM的预后及治疗，SHNG6、LINC01278等lncRNAs可能在其发生发展、迁移及侵袭等方面扮演着重要角色。
文献关键词：
葡萄膜黑色素瘤;长链非编码RNA;内源竞争RNA
中图分类号：
作者姓名：
尚会平;林祥祥
作者机构：
温州医科大学附属眼视光医院 眼视光学和视觉科学国家重点实验室，温州 325027;温州医科大学附属第一医院 浙江省神经老化与疾病研究重点实验室，温州 325015
文献出处：
引用格式：
[1]尚会平;林祥祥-.葡萄膜黑色素瘤生存预后相关lncRNA的初步筛选及相关性分析)[J].中华眼视光学与视觉科学杂志,2022(03):208-215
A类：
mircode,SHNG6,PDGFD,LINC01278
B类：
葡萄膜黑色素瘤,生存预后,初步筛选,UM,长链非编码,疾病预后,LncRNA,亚细胞定位,肿瘤基因组图谱数据库,targetscan,lncRNAs,microRNA,Venn,网络可视化,功能基因,调控基因,肿瘤病,病理进程,has,5p,3p,let,7b,7c,miRNAs,节下,BAX,IGF1R,KRAS,PIK3R1,ceRNAs,肿瘤发生发展,致癌基因,迁移及侵袭
AB值：
0.271869
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