典型文献
HIV-1 CRF103_01B近全长基因组遗传特征分析
文献摘要:
目的:描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法:对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_01B毒株。通过逆转录、近末端稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。获得的序列与分型参考序列进行基因比对,使用MEGA11软件构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统进化树。用SimPlot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,挑选较长的重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株来源。用斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果:共获得5条CRF103_01B NFLG序列,其中4例经男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染,1例为女性。与从河北检出的4条CRF103_01B NFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01_AE骨架上, gag、pol和 nef-3'- LTR基因片段被B亚型重组替换[HXB2 nt 1111±19 - 1539±16,2531 - 4478±16(片段Ⅴ),9008±23 - 9615]。亲本来源分析显示,CRF103_01B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型(BJMP3294B)和g5簇CRF01_AE序列(JX112804)聚集成大单系进化簇(bootstrap值分别为97%和100%)。9个CRF103_01B病例均携带非核苷类逆转录酶抑制剂类V106I突变。 结论:CRF103_01B毒株最可能起源于北京MSM人群,并在北京和河北等地的MSM人群中低水平持续流行,并经异性性途径向一般人群播散。需加强该毒株分子流行病学和耐药监测,关注疾病进展。
文献关键词:
CRF103_01B;近全长基因组;男男性行为;流行重组型
中图分类号:
作者姓名:
代漫;李佳;吕诗韵;黄辉煌;刘安;孙丽君;韩梅;李洁;卢红艳;黄春;辛若雷
作者机构:
中国医科大学公共卫生学院,沈阳 110122;北京市疾病预防控制中心性病艾滋病防治所 100013;首都医科大学附属北京佑安医院性病艾滋病诊疗中心 100069;解放军总医院第五医学中心感染病医学部爱心门诊 100039;重庆市公共卫生医疗救治中心结核病研究室 400042
文献出处:
引用格式:
[1]代漫;李佳;吕诗韵;黄辉煌;刘安;孙丽君;韩梅;李洁;卢红艳;黄春;辛若雷-.HIV-1 CRF103_01B近全长基因组遗传特征分析)[J].国际病毒学杂志,2022(03):177-183
A类:
CRF103,流行重组型,NFLG,HXB2,BJMP3294B,g5,JX112804,V106I
B类:
HIV,01B,近全长基因组,遗传特征分析,一株,检出情况,near,full,length,genome,新诊断,抗病毒治疗,疗病,基因型耐药,耐药监测,毒株,稀释法,两段,参考序列,MEGA11,软件构建,邻接,接法,neighbor,joining,NJ,系统进化树,SimPlot,基因重组,断点,基因组结构,结构图,亲本,序列比对,斯坦福大学,耐药特征,共获,男男性行为,men,who,have,sex,MSM,CRF01,AE,架上,gag,pol,nef,LTR,nt,来源分析,单系,进化簇,bootstrap,非核,核苷类逆转录酶抑制剂,续流,一般人群,播散,分子流行病学,疾病进展
AB值:
0.32573
相似文献
机标中图分类号,由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成,仅供学习研究参考。