典型文献
基于生物信息学方法筛选缺血性心肌病生物标志物的研究
文献摘要：
目的:基于生物信息学方法筛选缺血性心肌病(ICM)潜在生物标志物,以期为ICM的诊疗提供依据.方法:基于NCBI网站基因表达综合数据库(GEO),利用R语言筛选健康心肌组织和ICM心肌组织差异表达基因(DEGs),对DEGs分别进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)及蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,绘制ROC曲线验证目标靶基因.结果:基于高通量数据集GSE26887,以|LogFC|>1、校正的P<0.01(adj.P)为筛选条件得到135个上调表达基因、124个下调表达基因,GO和KEGG富集分析显示,ICM与Ras同源基因家族成员a(RHOA)的过表达、细胞外基质的变化、氧化还原酶活性、炎症反应的调节、肌肉系统进程、心脏传导系统等相关.结论:ICM与细胞外基质的变化、氧化还原酶活性等密切相关,通过筛选得到的差异明显基因及中心基因(hub gene),可能为ICM诊断、治疗提供新的靶点.
文献关键词：
缺血性心肌病;生物标志物;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
张开健;胡康;张步春
作者机构：
皖南医学院 研究生学院,安徽 芜湖 241000;中国科学技术大学附属第一医院 心血管内科,安徽 合肥230000
文献出处：
引用格式：
[1]张开健;胡康;张步春-.基于生物信息学方法筛选缺血性心肌病生物标志物的研究)[J].淮海医药,2022(03):234-239
A类：
GSE26887
B类：
生物信息学方法,缺血性心肌病,ICM,潜在生物标志物,NCBI,基因表达综合数据库,GEO,心肌组织,组织差异表达,差异表达基因,DEGs,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,蛋白相互作用,PPI,标靶,靶基因,高通量数据,LogFC,adj,富集分析,Ras,同源基因,基因家族,RHOA,过表达,细胞外基质,氧化还原酶,心脏传导系统,过筛,选得,中心基因,hub,gene
AB值：
0.299958
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