典型文献
基于生物信息学的椎间盘退变miRNA-mRNA调控关系的分析
文献摘要：
目的:通过使用生物信息学方法分析高通量芯片,揭示与椎间盘退变(IDD)相关的信号通路和miRNA-mRNA的调控关系.方法:首先,从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载了IDD相关的两个数据集:GSE56081和GSE116726.使用R编程环境的limma软件包鉴定出IDD样本和正常样本的差异表达基因(DEGs)和差异表达miRNA(DE-miRNAs),并且对DEGs进行了GO(Gene Ontology)功能富集分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析,以鉴定IDD中DEGs相关的生物学功能.通过miRTarBase数据库筛选出DE-miRNAs经过试验验证的靶基因,并将靶基因与DEGs取交集,最终构建高度可信的miRNA-mRNA调控关系网络,通过Cytoscape软件将其可视化.结果:总共筛选出523个DEGs和858个DE-miRNAs.GO分析表明,DEGs可能参与的生物过程(BP)包括生物调节、代谢过程、对刺激的反应、多细胞生物过程、细胞通讯、定位等;细胞成分(CC)主要涉及细胞膜、细胞核、含蛋白质复合物、细胞外基质、细胞投射、细胞骨架等;分子功能(MF)主要包括蛋白质结合、离子结合、核酸结合、转移酶活性、水解酶活性、结构分子活性等.KEGG途径分析表明,鉴定出的DEGs可能主要通过TGF-β信号通路、TNF信号通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt信号通路四条通路影响IDD的进程.最后分析出32对miRNAs-mRNAs的调控关系.结论:本研究鉴定了可能参与IDD的信号通路和高度可信的miRNA-mRNA调控关系,为研究IDD的分子机制提供了新的理论依据和研究方向.
文献关键词：
椎间盘退变;差异表达基因;生物信息学;miRNA-mRNA
中图分类号：
作者姓名：
杜文佳;晏丽;李延宏
作者机构：
兰州大学第二医院/甘肃省骨关节病重点实验室,甘肃 兰州 730030;兰州现代职业技术学院,甘肃 兰州 730000
文献出处：
引用格式：
[1]杜文佳;晏丽;李延宏-.基于生物信息学的椎间盘退变miRNA-mRNA调控关系的分析)[J].甘肃医药,2022(06):481-486
A类：
GSE56081,GSE116726
B类：
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AB值：
0.320692
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