典型文献
白灵菇菌丝体转录组测序及生物信息学分析
文献摘要：
白灵菇经液体振荡培养得菌丝球,利用Illumina测序平台对其进行转录组测序,获得白灵菇转录组数据,经过质量控制及过滤,共获得26973356条纯净序列,基于RNA-Seq技术和FastQC(v0.11.4)软件对数据进行质量评估,转录组序列共计4.02Gb个碱基,GC含量为53.09％,碱基质量值Q20为98.52％;Q30为95.56％.对测序数据拼接组装后获得32969条Unigene.将获得的Unigene分别与KEGG、Nr、GO和COG等数据库进行比对,共有21808条Unigene得到注释,占总Unigene的66.15％.其中12433条Unigene在GO数据库中得到注释,按照功能分为3个大类和61个亚类;1304条Unigene在KEGG数据库中得到注释,涉及111条代谢通路;21664条Unigene在Nr数据库中获得注释,同源序列主要来自真姬菇;12461条Unigene在COG数据库得到注释,涉及25个不同的功能分类.SSR特征分析中共检测到3014个位点,其中三核苷酸重复1869个,占SSR位点总数的62.01％.本研究构建白灵菇转录组数据库并进行生物信息学分析,为后续开展种质资源鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究提供科学依据.
文献关键词：
白灵菇;转录组测序;基因注释
中图分类号：
作者姓名：
艾鑫;赵文君;律凤霞
作者机构：
牡丹江师范学院生命科学与技术学院,黑龙江 牡丹江 157012
文献出处：
引用格式：
[1]艾鑫;赵文君;律凤霞-.白灵菇菌丝体转录组测序及生物信息学分析)[J].中国林副特产,2022(03):1-5
A类：
FastQC,02Gb
B类：
白灵菇,灵菇菌,菌丝体,转录组测序,生物信息学分析,养得,菌丝球,Illumina,测序平台,转录组数据,共获,纯净,Seq,v0,质量评估,转录组序列,碱基,Q20,Q30,序数,数据拼接,Unigene,Nr,COG,亚类,代谢通路,真姬菇,功能分类,SSR,个位,研究构建,种质资源鉴定,遗传多样性分析,指纹图谱,图谱构建,基因注释
AB值：
0.351597
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