典型文献
基于GEO和TCGA数据库食管鳞状细胞癌预后模型构建与验证
文献摘要：
目的 探讨食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织与正常组织之间的差异表达基因,构建ESCC的预后相关模型并验证其临床应用价值.方法 首先,基于GSE20347、GSE23400、GSE26886、GSE45168、GSE77861数据集确定ESCC的差异表达基因.其次,经通路富集后使用STRING和Cytoscape软件筛选关键基因.随后,Kaplan-Meier Plotter和单变量Cox回归用于生存分析,多因素Cox回归应用于构建预后模型.实时荧光定量PCR用于验证预后相关基因的差异表达情况.此外,我们通过Kaplan-Meier曲线、ROC曲线、一致性指数、灵敏度和特异度验证模型的预后价值.最后,利用基因集富集分析进一步探讨ESCC预后机制.结果 本研究发现98个差异表达基因和15个关键基因,其中6个关键基因与预后相关.此外,基于VCAN、ALOX12和ACPP的预后模型经验证临床应用价值较好.结论 基于VCAN、ALOX12和ACPP的预后模型可独立预测ESCC的预后.
文献关键词：
差异表达基因;食管鳞状细胞癌;生物信息学分析;预后
中图分类号：
作者姓名：
管沛文;李雪;尤崇革
作者机构：
兰州大学第二医院检验医学中心,甘肃兰州 730000
文献出处：
引用格式：
[1]管沛文;李雪;尤崇革-.基于GEO和TCGA数据库食管鳞状细胞癌预后模型构建与验证)[J].胃肠病学和肝病学杂志,2022(01):61-67,74
A类：
GSE45168,GSE77861,ACPP
B类：
GEO,TCGA,食管鳞状细胞癌,预后模型,模型构建与验证,esophageal,squamous,cell,carcinoma,ESCC,正常组织,差异表达基因,相关模型,临床应用价值,GSE20347,GSE23400,GSE26886,通路富集,STRING,Cytoscape,选关,关键基因,Kaplan,Meier,Plotter,Cox,生存分析,预后相关基因,验证模型,预后价值,基因集富集分析,VCAN,ALOX12,生物信息学分析
AB值：
0.327456
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