典型文献
肝细胞癌相关DNA甲基化诊断生物标志物的筛选及验证
文献摘要：
目的 筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)相关的甲基化CpG诊断生物标志物.方法 下载癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)中HCC的DNA甲基化和表达数据进行生物信息学分析,获得候选CpG位点.采用焦磷酸测序及qRT?PCR检测50例早期HCC组织样本中候选CpG位点的甲基化率及其所在基因的表达量,并验证其诊断效能.在GSE54503、GSE89852和GSE56588数据集中评估候选CpG位点的诊断效能.结果 生物信息学分析筛选出5个候选CpG位点(cg12614630、cg19786751、cg06131338、cg23371746和cg25340966),多变量联合诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)为0.993.50例早期HCC组织中cg12614630(GPR182)、cg19786751(ACACB)和cg06131338(ACACB)的甲基化率高于癌旁组织以及对应基因的表达水平均低于癌旁组织,且位点甲基化水平与基因表达水平呈负相关(P<0.05).ROC曲线分析显示,在早期HCC组织以及GSE54503、GSE89852和GSE56588数据集中,3个CpG位点联合诊断的AUC分别为0.903、0.812、0.844和0.934.结论 cg12614630、cg19786751和cg06131338 CpG位点可能是HCC潜在的诊断生物标志物,联合检测这3个CpG位点具有良好的诊断效能.
文献关键词：
肝细胞癌;诊断生物标志物;DNA甲基化;CpG位点
中图分类号：
作者姓名：
秦小玲;刘顺;庞婷;刘美良;伍柳玉;曾小云
作者机构：
530021 南宁 广西医科大学公共卫生学院;530200 南宁 广西中医药大学公共卫生与管理学院;530021 南宁 广西区域性高发肿瘤早期防治研究重点实验室
文献出处：
引用格式：
[1]秦小玲;刘顺;庞婷;刘美良;伍柳玉;曾小云-.肝细胞癌相关DNA甲基化诊断生物标志物的筛选及验证)[J].中国癌症防治杂志,2022(01):45-52
A类：
GSE54503,GSE89852,GSE56588,cg12614630,cg19786751,cg06131338,cg23371746,cg25340966,GPR182
B类：
肝细胞癌,诊断生物标志物,hepatocellular,carcinoma,HCC,CpG,下载,癌症基因组图谱,cancer,genome,atlas,TCGA,生物信息学分析,焦磷酸测序,qRT,诊断效能,多变量,联合诊断,受试者工作特征,receiver,operating,characteristic,curve,area,under,ACACB,癌旁组织,甲基化水平,基因表达水平,联合检测
AB值：
0.183011
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
