典型文献
欧亚鸲特鲁螨线粒体tRNA基因重新注释与分析
文献摘要：
目的 验证欧亚鸲特鲁螨(Trouessartia rubecula)线粒体基因组中是否存在tRNA基因的丢失,并以此过程为基础提出一套完整的无气门股螨类线粒体基因组tRNA基因注释流程,为螨类线粒体基因组tRNA基因注释提供参考.方法 联合MITOS、tRNAscan-SE、MITOS2和ARWEN等多个tRNA注释软件预测欧亚鸲特鲁螨线粒体tRNA基因,结合人工序列检查、人工手动查找以及可能二级结构的最小自由能(minimum free energy,MFE)进行验证.结果 利用MITOS和ARWEN的预测结果结合人工序列修正,重新注释欧亚鸲特鲁螨线粒体基因组中"缺失"的trnE、trnI和trnY基因,人工手动查找到trnA和trnV基因.重新注释的欧亚鸲特鲁螨线粒体基因组具有22个tRNA基因,不存在tRNA基因的丢失.结论 在注释无气门亚目中螨类线粒体时,为了获得更加准确的tRNA基因注释结果,应广泛运用tRNA基因预测程序,并且对预测结果进行人工检查和修正,以期减少单一程序预测以及注释程序预测方法所导致的偏差.
文献关键词：
欧亚鸲特鲁螨;线粒体基因组;tRNA基因注释;羽螨总科;无气门股
中图分类号：
作者姓名：
苏璇;方瑜;方颖;刘璐瑶;李飞燕;冯蕊;褚凌渺;左泽涛;金岳龙;孙恩涛
作者机构：
皖南医学院公共卫生学院,安徽 芜湖 241002;皖南医学院检验学院
文献出处：
引用格式：
[1]苏璇;方瑜;方颖;刘璐瑶;李飞燕;冯蕊;褚凌渺;左泽涛;金岳龙;孙恩涛-.欧亚鸲特鲁螨线粒体tRNA基因重新注释与分析)[J].热带病与寄生虫学,2022(06):336-341
A类：
欧亚鸲特鲁螨,Trouessartia,rubecula,无气门股,MITOS,MITOS2,ARWEN,trnY,羽螨总科
B类：
线粒体基因组,螨类,基因注释,tRNAscan,SE,软件预测,二级结构,自由能,minimum,free,energy,MFE,trnE,trnI,trnA,trnV,亚目,测程,检查和,一程
AB值：
0.192988
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