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基于转录组测序研究CatSper1在版纳微型猪近交系睾丸组织中的转录调控特征
文献摘要：
目的 CatSper1是精子特定的电压门控Ca2+通道蛋白,在精子生成和受精过程中具有重要作用.本研究旨在分析CatSper1基因在版纳微型猪近交系(BMI)的表达调控模式、序列特征与潜在的生物学功能.方法 取成年BMI公猪睾丸进行转录组测序;采用RT-PCR技术克隆CatSper1的完整编码序列;分析CatSper1的序列、结构特征及相互作用蛋白;利用转录组测序数据构建CatSper1的lncRNA和miRNA调控网络,并进行GO功能注释.结果 RNA-seq获得CatSper1基因的平均表达量和平均TPM值分别为2817.5和33.6.CatSper1 CDS区全长为2166 bp(GenBank登录号:OK042306),编码721个氨基酸,含有233个氨基酸残基组成的Ion_trans保守结构域以及与精子生成相关的保守跨膜螺旋结构.CatSper1蛋白与10个雄性育性相关蛋白质存在相互作用,尤其与该基因家族成员CatSper2-4蛋白互作最为紧密.CatSper 1基因受10个miRNAs靶向调控,分别有16个和14个lncRNAs与CatSper1竞争性结合ssc-miR-1343和ssc-miR-744.GO注释发现CatSper1基因在分子功能(MF)、生物学过程(BP)、细胞成分(CC)等方面均具有重要功能.结论 本研究报道了CatSper1在BMI睾丸中的表达,基因的分子结构特征和表达调控网络,为深入研究CatSper1基因在BMI精子发生、精子获能和顶体反应等重要生物学过程中的功能奠定了基础.
文献关键词：
版纳微型猪近交系;阳离子通道精子相关蛋白1;转录组测序;精子生成;转录调控
中图分类号：
作者姓名：
张霞;王配;刘志朋;霍海龙;代红梅;赵筱;霍金龙
作者机构：
吕梁学院 生命科学系, 山西 吕梁 033001;云南农业大学 动物科学技术学院, 昆明 650201;云南农业职业技术学院,昆明 650212
文献出处：
引用格式：
[1]张霞;王配;刘志朋;霍海龙;代红梅;赵筱;霍金龙-.基于转录组测序研究CatSper1在版纳微型猪近交系睾丸组织中的转录调控特征)[J].中国实验动物学报,2022(05):619-628
A类：
CatSper1,OK042306,CatSper2,CatSper
B类：
转录组测序,版纳微型猪近交系,睾丸组织,转录调控,电压门控,Ca2+,精子生成,受精,表达调控,调控模式,序列特征,生物学功能,公猪,整编,编码序列,相互作用蛋白,序数,调控网络,功能注释,seq,TPM,CDS,全长,bp,GenBank,登录号,氨基酸残基,基组,Ion,trans,保守结构域,螺旋结构,雄性育性,基因家族,蛋白互作,miRNAs,靶向调控,lncRNAs,竞争性,ssc,MF,生物学过程,细胞成分,CC,重要功能,分子结构,精子发生,精子获能,顶体反应,阳离子,离子通道
AB值：
0.316151
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