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贝莱斯芽孢杆菌LG37全基因组测序分析及无机氮代谢相关候选基因的筛选
文献摘要：
前期研究发现贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)LG37可高效同化无机氮,但其机理尚不清楚.为解读其高效同化无机氮的机理,结合三代PacBio RS Ⅱ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对贝莱斯芽孢杆菌LG37进行全基因组测序,在此基础上利用NR、KEGG、eggNOG、GO和CARD数据库进行序列注释、分析,并通过本地Blast+对无机氮代谢相关基因进行挖掘.测序结果表明:1)贝莱斯芽孢杆菌LG37的基因组为3 929 697 bp的环状染色体,GC含量为46.5％,包含3 854个蛋白质编码基因、86个tRNA基因和27个rRNA基因.2)共筛选出无机氮代谢相关候选基因94个,主要涉及编码感应蛋白、转录调控因子、转运蛋白、氧化还原酶和同化酶等,并对这些基因的GO功能进行了注释分析.综上,LG37全基因组测序及无机氮代谢相关基因的分析为芽孢杆菌降低养殖水体中无机氮的研究提供了基因水平数据,为芽孢杆菌微生态制剂降低水体中无机氮的应用研究提供了理论依据.
文献关键词：
贝莱斯芽孢杆菌;全基因组测序;无机氮;代谢通路
中图分类号：
作者姓名：
刘广鑫;董晏君;赵丽娟;邓益琴;程长洪;马红玲;江建军;冯娟;郭志勋;林蠡
作者机构：
中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东广州510300;肇庆市水产技术推广中心,广东肇庆526040;仲恺农业工程学院动物科技学院/广东省水环境与水产品安全工程技术研究中心/广州市水产病害与水禽养殖重点实验室,广东广州510225
文献出处：
引用格式：
[1]刘广鑫;董晏君;赵丽娟;邓益琴;程长洪;马红玲;江建军;冯娟;郭志勋;林蠡-.贝莱斯芽孢杆菌LG37全基因组测序分析及无机氮代谢相关候选基因的筛选)[J].南方水产科学,2022(03):57-67
A类：
LG37,Blast+
B类：
贝莱斯芽孢杆菌,全基因组测序分析,无机氮,氮代谢,候选基因,前期研究,Bacillus,velezensis,PacBio,RS,Illumina,HiSeq,NR,eggNOG,CARD,序列注释,代谢相关基因,bp,蛋白质编码基因,tRNA,rRNA,转录调控因子,转运蛋白,氧化还原酶,养殖水体,基因水平,微生态制剂,代谢通路
AB值：
0.228597
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