典型文献
比较基因组学分析鱼源荧光假单胞菌的致腐和适应性
文献摘要：
为探究荧光假单胞菌的强致腐和环境适应性,实验通过分析2株海水鱼源荧光假单胞菌的蛋白酶活性和挥发性盐基氮(TVB-N)的形成,并采用比较基因组学方法解析致腐和适应机制.结果显示,荧光假单胞菌PF07和PF08在冷藏鱼汁中的蛋白酶活性强,积累较多TVB-N.经全基因组测序、组装和功能注释后,得到PF07基因组长度为6.13 Mb,GC含量61.4％.通过泛基因组分析可知,PF07与PF08核心基因共4980个,独特基因分别有516和470个.COG和KEGG注释显示2株致腐菌基因组中参与氨基酸代谢基因占比最高,PF07独特基因参与无机离子转运代谢居多.碳水化合物活性酶CAZy注释表明,2株荧光假单胞菌基因组中糖苷转移酶与糖苷水解酶基因均占比最高,还鉴定得到大量分解碳水化合物、蛋白质和脂质等多种底物的酶和相关蛋白基因,特别有碱性金属蛋白酶AprA、多胺ABC转运蛋白渗透酶PotC、精氨酸与鸟氨酸脱羧酶等多种降解蛋白酶.另外,2株致腐菌分布有rpoS、rpoN和rpoD多种σ因子.2株鱼源荧光假单胞菌表现出强的致腐性,研究通过比较基因组学方法解析荧光假单胞菌分布多种编码蛋白酶和腐胺形成的氨基酸代谢基因、分解糖原和脂肪的基因及环境适应调控因子.本研究从基因水平初步揭示了荧光假单胞菌强分解蛋白质等多种底物的分子基础,有助于深入探究该菌的代谢特征和致腐机制.
文献关键词：
荧光假单胞菌;全基因组测序;致腐;适应性
中图分类号：
作者姓名：
刘静聪;冯立芳;吴诗媛;朱军莉;励建荣;李婷婷
作者机构：
浙江工商大学食品与生物工程学院,浙江省食品安全重点实验室,浙江 杭州 310018;渤海大学食品科学研究院,辽宁 锦州 121013;大连民族大学生命科学学院,辽宁 大连 116600
文献出处：
引用格式：
[1]刘静聪;冯立芳;吴诗媛;朱军莉;励建荣;李婷婷-.比较基因组学分析鱼源荧光假单胞菌的致腐和适应性)[J].水产学报,2022(07):1178-1187
A类：
PF07,PF08,AprA,PotC,rpoN
B类：
比较基因组学分析,荧光假单胞菌,环境适应性,海水鱼,蛋白酶活性,挥发性盐基氮,TVB,方法解析,适应机制,冷藏,鱼汁,全基因组测序,功能注释,组长,Mb,泛基因组,基因组分析,核心基因,COG,致腐菌,氨基酸代谢,代谢基因,无机离子,离子转运,碳水化合物活性酶,CAZy,转移酶,糖苷水解酶,酶基因,底物,金属蛋白酶,多胺,ABC,转运蛋白,精氨酸,鸟氨酸,脱羧酶,rpoS,rpoD,编码蛋白,腐胺,糖原,调控因子,基因水平,分子基础,代谢特征
AB值：
0.257879
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