典型文献
中华大仰蝽转录组学研究及SSR新标记开发
文献摘要：
[目的]中华大仰蝽Notonecta chinensis为中国和日本冲绳分布的重要水生天敌昆虫,可用于蚊虫的生物防治.本研究旨在建立中华大仰蝽转录组数据库,挖掘其基因信息.[方法]采用高通量测序平台Illumina NextSeq500对中华大仰蝽进行转录组测序、de novo组装及生物信息学分析;利用MISA软件基于转录组unigenes数据进行SSR新分子标记筛选.毛细管电泳检测SSR多态性.[结果]总计获得34782282条clean reads(NCBI SRA数据库登录号:SRR13259254),组装成37801条unigenes,N50为913 bp.将unigenes与已知数据库比对进行基因功能注释,分别有36474,32470,27781,35079和5638条序列注释到nr,Swiss-Prot,GO,eggNOG和KEGG数据库.通过GO数据库注释,unigenes的功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类,其中参与细胞、细胞部分及结合功能的unigenes比例较大.eggNOG数据库注释结果显示,37801条unigenes归到25个基因家族,注释到未知功能的最多.KEGG代谢通路富集分析显示,5638条unigenes注释到245个代谢通路,注释到核糖体的数目最多.此外,用MISA软件在转录组测序数据中的37801条unigenes中搜索到3124个SSR位点(占总unigenes的8.26％),发生频率为7.07％.通过PCR筛选出16个SSR位点.7个中华大仰蝽地理种群3个位点NcCF/NcCR,NcKF/NcKR和NcLF/NcLR的多态信息含量(PIC)分别为0.870,0.902和0.857,具高度多态性.[结论]本研究成功获得了中华大仰蝽转录组数据,为其基因功能分析提供了分子理论基础;SSR新标记的开发为中华大仰蝽遗传多样性分析、隐存种鉴定及基因图谱构建提供了更丰富的候选分子标记.
文献关键词：
中华大仰蝽;转录组;SSR;基因注释;Illumina NextSeq
中图分类号：
作者姓名：
李敏;张丹丽;李荣荣;雷廷;宋鲜梅;卜文俊
作者机构：
太原师范学院生物系,山西晋中030619;南开大学生命科学学院昆虫学研究所,天津300071
文献出处：
引用格式：
[1]李敏;张丹丽;李荣荣;雷廷;宋鲜梅;卜文俊-.中华大仰蝽转录组学研究及SSR新标记开发)[J].昆虫学报,2022(01):31-43
A类：
中华大仰蝽,Notonecta,NextSeq500,SRR13259254,NcCF,NcCR,NcKF,NcKR,NcLF,NcLR
B类：
转录组学,组学研究,SSR,标记开发,chinensis,冲绳,天敌昆虫,蚊虫,生物防治,转录组数据,基因信息,高通量测序平台,Illumina,转录组测序,de,novo,生物信息学分析,MISA,unigenes,分子标记,标记筛选,毛细管电泳,多态性,总计,clean,reads,NCBI,SRA,登录号,装成,N50,bp,已知数,库比,基因功能注释,序列注释,nr,Swiss,Prot,eggNOG,生物学过程,归到,基因家族,代谢通路,通路富集分析,核糖体,序数,发生频率,地理种群,个位,多态信息含量,PIC,基因功能分析,子理,发为,遗传多样性分析,基因图谱,图谱构建,基因注释
AB值：
0.330731
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