典型文献
大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长差异基因及其调控通路分析
文献摘要：
为筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长差异的关键基因并分析其调控途径,以40、80和120 kg的大型迪庆藏猪为对象,基于RNA-seq技术对背最长肌组织进行转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析,筛选与肌肉生长相关的差异基因进行STEM趋势分析、功能分析并构建差异基因互作网络.结果表明:1)10～40 kg阶段与40～80 kg阶段、40～80 kg阶段与80～120 kg阶段比较共检测到730个、981个基因显著差异表达;2)差异表达基因STEM趋势分析显示,共有4个差异显著模块,模块11和14的差异基因先上调表达后轻微下调;模块9和10的差异基因先上调后下调表达;3)差异基因互作网络显示,10～40 kg vs 40～80 kg,FOS基因位于调控网络核心,与EGRs、CCL2和NOR-1 等基因有互作关系,NOR-1基因上调导致肌肉生长速度加快,FOS基因下调抑制肌源性分化,EGRs基因下调导致胶原纤维束减少,CCL2基因下调导致肌肉再生受损;40～80 kg vs 80～120 kg,FOXO1、PDK4和PPARD等基因位于网络中心,SFRPs基因上调阻止成肌细胞终末分化,FZD7基因下调减缓肌纤维肥大速度,FOXO1 下调导致肌生长抑制素mRNA下降减缓肌肉萎缩进程,PPARD与FOXO1均降低PDK4含量从而使肌肉丙酮酸脱氢酶复合物活性增强,对碳水化合物氧化和葡萄糖摄取增加,肌纤维变粗,与大型迪庆藏猪40至80 kg生长速度显著快于10至40 kg阶段,而80 kg之后缓慢下降的规律吻合;4)挑选了 12个差异基因进行qPCR验证,EGR1、SFRP1和FOXO1等12个基因定量验证结果与转录组测序结果一致.综上,本研究利用RNA-seq技术筛选出12个影响大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长的差异基因,可为解析地方猪肌肉生长的遗传调控机制、应用分子标记辅助选择提高迪庆藏猪瘦肉产量提供参考.
文献关键词：
大型迪庆藏猪;RNA-seq;肌肉生长;差异表达基因;调控途径
中图分类号：
作者姓名：
聂靖茹;张博;马黎;张浩;李国美;严达伟;董新星
作者机构：
云南农业大学 动物科学技术学院,昆明650201;中国农业大学 动物科学技术学院,北京100193;云南农业职业技术学院 畜牧兽医学院,昆明650212
文献出处：
引用格式：
[1]聂靖茹;张博;马黎;张浩;李国美;严达伟;董新星-.大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长差异基因及其调控通路分析)[J].中国农业大学学报,2022(06):132-144
A类：
大型迪庆藏猪,EGRs
B类：
生长阶段,肌肉生长,生长差异,差异基因,调控通路,通路分析,关键基因,调控途径,seq,背最长肌,肌组织,转录组测序,序数,拼接,长相,STEM,功能分析,基因互作,互作网络,差异表达基因,先上,FOS,调控网络,CCL2,NOR,互作关系,生长速度,肌源性,胶原纤维,纤维束,肌肉再生,FOXO1,PDK4,PPARD,网络中心,SFRPs,成肌细胞,终末,FZD7,调减,肌纤维,肥大,生长抑制,肌肉萎缩,缩进,丙酮酸脱氢酶,复合物,碳水化合物,葡萄糖摄取,变粗,快于,慢下,qPCR,EGR1,SFRP1,基因定量,研究利用,技术筛选,地方猪,猪肌肉,遗传调控,调控机制,分子标记辅助选择,高迪,猪瘦肉
AB值：
0.331193
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
