典型文献
基于计算机辅助药物设计及网络药理学方法探究活络丸治疗骨关节炎的分子机制
文献摘要:
目的 基于骨关节炎的发病机制以及临床药物需求,运用计算机辅助药物设计以及网络药理方法探究活络丸治疗骨关节炎的潜在药效成分及分子机制.方法 采用TCMSP、TCMID和化学专业数据库检索活络丸中药化合物.多靶点分子对接、结合自由能计算逐级对化合物与骨关节炎治疗靶点COX-2、5-LOX以及凝血因子F2的亲和力进行评估,对潜在活性化合物进行层次聚类及药效团模型的构建.利用Swiss Target Prediction预测化合物潜在靶点,Cytoscape构建"药味-成分-潜在靶点"网络.GeneCards、DrugBank、TTD和CTD检索骨关节炎疾病靶点.DAVID进行GO和KEGG分析,STRING分析蛋白相互作用.结果 分子对接及结合自由能计算获得了具有靶向COX-2、5-LOX、F2潜在亲和力的成分,经层次聚类分析后构建药效团模型,得到针对COX-2、5-LOX及F2的药效团模型AAH、AAA、AAR.裂叶苣荚莱内酯、芦荟大黄素、光甘草定等化合物具有的骨架结构可能对治疗骨关节炎有潜在作用.活络丸与骨关节炎共有靶点180个,PPI分析得到STAT3、SRC、CXCR4、EP300等潜在靶点179个,GO和KEGG分析得到GO条目686个、KEGG通路108条.结论 本研究选择花生四烯酸代谢靶点COX-2、5-LOX以及凝血靶点F2,通过多靶点分子对接和结合自由能计算逐级筛选、聚类分析、药效团模型及网络药理学等方法,初步揭示活络丸"多点显效,协同增效"的分子机制,为具有潜在较低不良反应的骨关节炎活性中药组分或组分配伍的开发提供靶点组合和研究基础.
文献关键词:
骨关节炎;活络丸;COX-2;5-LOX;F2;多靶点分子对接;药效团模型;网络药理学
中图分类号:
作者姓名:
张敏;邱璐;林佳;后叶虎;张慧娟;苟丽红;陶金正;姚娟;刘永琦;靳晓杰
作者机构:
甘肃中医药大学,药学院,兰州730000;西北中藏药协同创新中心,兰州730000;甘肃中医药大学,甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究重点实验室,兰州730000;甘肃中医药大学,临床医学院,兰州730000;甘肃中医药大学,敦煌医学与转化教育部重点实验室,兰州730000
文献出处:
引用格式:
[1]张敏;邱璐;林佳;后叶虎;张慧娟;苟丽红;陶金正;姚娟;刘永琦;靳晓杰-.基于计算机辅助药物设计及网络药理学方法探究活络丸治疗骨关节炎的分子机制)[J].中国现代应用药学,2022(04):450-460
A类:
多靶点分子对接
B类:
计算机辅助药物设计,网络药理学,方法探究,活络丸,骨关节炎,临床药物,药物需求,药效成分,TCMSP,TCMID,化学专业,数据库检索,结合自由能,自由能计算,逐级,治疗靶点,COX,LOX,凝血因子,F2,亲和力,活性化合物,药效团模型,Swiss,Target,Prediction,潜在靶点,Cytoscape,药味,GeneCards,DrugBank,TTD,CTD,DAVID,STRING,蛋白相互作用,层次聚类分析,AAH,AAA,AAR,内酯,芦荟大黄素,光甘草定,骨架结构,潜在作用,PPI,STAT3,SRC,CXCR4,EP300,条目,花生四烯酸代谢,显效,协同增效,中药组分,组分配伍
AB值:
0.270579
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