目的 基于肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)中炎症反应相关基因(inflamma-tory response related genes,IRRGS)转录组和ccRCC临床预后数据构建ccRCC分子亚型和预后分子模型,探索IRRGS在ccRCC中的预后作用,为ccRCC相关功能基因挖掘提供基础.方法 首先在TCGA(the cancer genome atlas,TCGA)数据库下载ccRCC患者转录组数据及临床预后数据,利用非负矩阵分解(nonnegative matrix factorization,NMF)算法对ccRCC炎症反应相关基因表达进行无监督聚类分析,构建ccRCC分子亚型,并比较不同亚型预后情况和肿瘤微环境情况;采用LASS()-Cox回归分析进行ccRCC构建预后分子模型,并验证预后模型判断预后效能.结果 基于ccRCC转录组数据和临床预后数据发现:200种炎症反应相关基因中有33种与ccRCC预后相关(P＜0.05),基于33种炎症反应相关基因构建ccRCC分子亚型,将530例ccRCC患者分为多个亚型,不同亚型具有不同预后,且不同亚型具有不同肿瘤微环境;采用LASSO-Cox回归分析从中筛选出11种与ccRCC预后相关炎症反应相关基因IRRGS,分别为ACVR2A、AHR、APLNR、CCL22、CCL7、CDKN1A、DCBLD2、GABBR1、IFITM1、IFNGR2、P2RY2,并联合11种炎症反应相关基因构建预后分子模型:Riskscore=-0.540419133*EXPACVR2A-0.360090406*EXPAHR-0.180475547*EXPAPLNR-0.864934657*EX-PCCL22+0.525298838*EXPCCL7-0.326201086*EXPCDKN1A+0.318438065*EXPDCBLD2+0.419159837 *EXPGABBR1+0.336448592*EXPIFITM1+0.606428458*EXPIFNGR2+0.515332828*EXPP2RY2,分子预后模型可以很好地预测 ccRCC患者预后.结论 基于炎症反应基因构建了ccRCC分子亚型,不同亚型间预后不同,不同亚型间肿瘤微环境不同;基于11种炎症反应基因构建了ccRCC预后分子模型可以很好地判断ccRCC预后.

肾肿瘤;炎症;预后

管波;张尚荣;王德彪;单卫民

阜阳市人民医院 泌尿外科,安徽 阜阳 236000;阜阳师范大学胚胎发育与生殖调节安徽省重点实验室,安徽 阜阳 236000;阜阳市妇女儿童医院病理科,安徽 阜阳 236000

泌尿外科杂志（电子版）

[1]管波;张尚荣;王德彪;单卫民-.基于炎症反应相关基因构建肾透明细胞癌分子亚型和预后模型)[J].泌尿外科杂志（电子版）,2022(02):82-91

IRRGS,LASS,APLNR,DCBLD2,GABBR1,IFNGR2,EXPACVR2A,EXPAHR,EXPAPLNR,PCCL22+0,EXPCCL7,EXPCDKN1A+0,EXPDCBLD2+0,EXPGABBR1+0,EXPIFITM1+0,EXPIFNGR2+0,EXPP2RY2

肾透明细胞癌,分子亚型,clear,cell,renal,carcinoma,ccRCC,inflamma,tory,response,related,genes,临床预后,分子模型,预后作用,相关功能,功能基因,基因挖掘,TCGA,cancer,genome,atlas,下载,转录组数据,非负矩阵分解,nonnegative,matrix,factorization,NMF,相关基因表达,无监督聚类,不同亚型,预后情况,肿瘤微环境,Cox,后效,LASSO,Riskscore,分子预后模型,肾肿瘤

0.204192