典型文献
胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究
文献摘要：
目的 筛选影响胃癌发生发展过程的相关基因及其通路,以探讨其发病机制.方法 从基因表达数据库(GEO)中筛选数据集,利用GEO2R分析胃癌组织和正常组织中显著差异表达基因.使用Bio venn获得两数据集共有差异基因,将胃癌两GEO芯片共有差异表达基因数据与癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出的差异表达基因进行交集,并对其进行功能注释、KEGG富集、筛选核心互作基因,Kaplan-Meier plotter分析核心互作基因总体生存率.结果 从GSE55696和GSE79973芯片中筛选出27个共有差异基因,与TCGA-STAD中有交集的差异表达基因有17个.涉及亨利恒等循环、葡萄糖的跨膜转运、胰岛素分泌的负调节和胆固醇生物合成等生物过程.主要存在于细胞外空隙、分泌颗粒内腔中,富集在金属羧肽酶活性功能方面.涉及PPAR信号通路、炎症介质对TRP通道的调节等39个通路,3个基因富集PPAR信号通路,7个基因互作关系较强,4个高表达基因生存曲线明显预后较差.结论 核心基因SLC2A2、HMGCS2、APOA1、KNG1和PPAR信号通路可能是胃癌发生发展过程中的关键因素.
文献关键词：
胃癌;生物信息学分析;基因芯片;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
颜南;王润新;王正东;刘洪;张珉;张忠
作者机构：
沈阳医学院康复教研室,沈阳 110034;沈阳医学院,沈阳 110034;沈阳医学院解剖学教研室,沈阳 110034;沈阳医学院计算机教研室,沈阳 110034;沈阳医学院病理学教研室,沈阳 110034
文献出处：
引用格式：
[1]颜南;王润新;王正东;刘洪;张珉;张忠-.胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究)[J].中国医科大学学报,2022(04):329-335
A类：
GSE55696,SLC2A2
B类：
TCGA,差异基因筛选,基因表达数据库,GEO2R,胃癌组织,正常组织,差异表达基因,Bio,venn,两数,共有差异基因,基因数据,癌症基因组图谱,交集,功能注释,互作基因,Kaplan,Meier,plotter,总体生存率,GSE79973,STAD,亨利,恒等,跨膜转运,胰岛素分泌,胆固醇生物合成,生物过程,外空,空隙,内腔,羧肽酶,活性功能,PPAR,炎症介质,TRP,基因富集,基因互作,互作关系,高表达基因,生存曲线,核心基因,HMGCS2,APOA1,KNG1,生物信息学分析,基因芯片
AB值：
0.41221
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