典型文献
柳树痂囊腔菌的基因组测序和比较基因组分析
文献摘要:
[目的]报道柳树痂囊腔菌(Elsino? murrayae)的全基因组序列,与甜橙痂囊腔菌杨树致病型的基因组进行比较分析,为阐述柳树痂囊腔菌的致病和适应性机制提供参考.[方法]采用Illumina HiSeq 2500测序仪对柳树痂囊腔菌的全基因组序列进行测序,预测蛋白编码基因,筛选与致病相关的碳水化合物活性酶基因、小分泌蛋白基因和次生代谢产物基因簇.根据痂囊腔属真菌基因的直系同源关系,筛选柳树痂囊腔菌和甜橙痂囊腔菌杨树致病型之间共有特异性的基因和二者之间差异基因,并进行GO富集分析.鉴定柳树痂囊腔菌的交配类型位点,使用特异性引物进行PCR,检测分离株的交配类型.[结果]组装获得了1个20.7 Mb基因组,完整度99%;预测出8256个蛋白编码基因,其中包括486个碳水化合物活性酶基因,193个小分泌蛋白基因和16个次生代谢产物基因簇(GenBank登录号:NKHZ00000000).系统进化和共线性分析显示柳树痂囊腔菌和甜橙痂囊腔菌杨树致病型亲缘关系最近,两者之间具有12个在其他痂囊腔菌中没有的共有特异性基因.两个真菌的比较基因组分析,筛选出752和1746个差异基因,主要参与碳水化合物代谢和毒素代谢的生物学过程.已有分离株的交配类型均为MAT1-2.[结论]获得柳树病原真菌-柳树痂囊腔菌的基因组,筛选出痂囊腔菌中负责寄主适应性的候选基因,分析了柳树痂囊腔菌交配系统,这可为柳树病害防治和柳树-病原真菌相互作用研究提供关键信息.
文献关键词:
柳树痂囊腔菌;柳树疮痂叶斑病;基因组;甜橙痂囊腔菌;交配类型
中图分类号:
作者姓名:
程强;赵丽娟
作者机构:
南京林业大学,林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,南方现代林业协同创新中心,江苏 南京 210037
文献出处:
引用格式:
[1]程强;赵丽娟-.柳树痂囊腔菌的基因组测序和比较基因组分析)[J].南京林业大学学报(自然科学版),2022(03):143-150
A类:
柳树痂囊腔菌,murrayae,甜橙痂囊腔菌,交配类型,NKHZ00000000,柳树疮痂叶斑病
B类:
基因组测序,比较基因组分析,Elsino,全基因组序列,杨树,致病型,适应性机制,Illumina,HiSeq,蛋白编码,编码基因,碳水化合物活性酶,酶基因,分泌蛋白,次生代谢产物,基因簇,直系,差异基因,富集分析,特异性引物,检测分离,分离株,Mb,完整度,预测出,GenBank,登录号,系统进化,共线性分析,亲缘关系,特异性基因,碳水化合物代谢,生物学过程,MAT1,病原真菌,寄主适应性,候选基因,交配系统,病害防治,菌相,相互作用研究,关键信息
AB值:
0.19967
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