目的 基于多重生物信息学方法,分析与阿尔茨海默病(AD)相关的信号通路、关键基因、microRNA(miR-NA)、转录因子(TF)等生物学信息,构建相关调控网络,以期阐释AD的内在机制.方法 根据纳入标准,从基因表达数据集(GEO)数据库中获取AD相关的高通量芯片数据集,并通过R软件对原始数据集进行预处理,应用limma数据包筛选差异表达基因(DEGs).利用DOSE数据包对DEGs进行疾病本体(DO)富集分析,并通过可视化和集成发现数据库(DAVID)在线工具对DEGs进行功能注释和通路分析;随后使用STRING数据库和Cyto-scape软件构建蛋白互作(PPI)网络并筛选出关键基因,使用mirTarBase等数据库预测相关miRNA,使用Enrichr数据库预测相关TF,并利用Cytoscape构建miRNA-TF-mRNA调控网络.结果 获得数据集GSE48350和GSE132903并且筛选得到109个DEGs.DO富集分析显示DEGs主要与AD等神经系统疾病显著相关,基因本体(GO)功能富集结果包括化学突触传递等21项条目,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析结果包括GABA能突触等8条信号通路.miRNA-TF-mRNA调控网络显示关键基因的mRNA与相关miRNA、TF之间具有一对多和多对一的复杂调控关系.结论 文章通过多重生物信息学,分析了与AD相关的信号通路、关键基因、miRNA、以及TF等生物学信息,建立了AD调控网络,为进一步探究AD的发生、发展机制提供了借鉴与思考.

阿尔茨海默病;多重生物信息学;关键基因;调控网络;miRNA;转录因子

王维;曹亦楠;刘嘉莉;赵晓东;魏慧军;魏明清;马亚茹;黄存生;薛旭升

北京中医药大学孙思邈医院脑病科,陕西 铜川 727031;北京中医药大学孙思邈医院脑病研究所,陕西 铜川 727031;北京中医药大学东直门医院脑病科三区,北京 100700;北京广安睡眠科学研究院,北京 100032

南昌大学学报（医学版）

[1]王维;曹亦楠;刘嘉莉;赵晓东;魏慧军;魏明清;马亚茹;黄存生;薛旭升-.基于多重生物信息学分析阿尔茨海默病的调控网络及相关机制)[J].南昌大学学报（医学版）,2022(03):1-10

多重生物信息学,GSE48350

生物信息学分析,阿尔茨海默病,调控网络,相关机制,生物信息学方法,AD,关键基因,microRNA,TF,内在机制,纳入标准,基因表达数据,GEO,原始数据,limma,数据包,差异表达基因,DEGs,DOSE,疾病本体,DAVID,功能注释,通路分析,STRING,软件构建,蛋白互作,PPI,mirTarBase,miRNA,Enrichr,Cytoscape,得数,GSE132903,选得,神经系统疾病,基因本体,功能富集,集结,化学突触传递,条目,京都基因与基因组百科全书,通路富集分析,GABA,多对一,杂调,发展机制

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