典型文献
胃相关性疾病伴肠上皮化生差异表达基因及中药预测的生物信息学分析
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法筛选胃相关性疾病伴肠上皮化生(IM)的关键基因与通路,探讨其发病机制及潜在治疗靶点,进而预测治疗IM的中药.方法:从公共基因芯片数据库(GEO)数据库中下载包含IM患者的胃黏膜基因表达谱数据,利用Rstudio3.5.2筛选出IM组织与正常胃黏膜组织的差异表达基因(DEGs);使用DAVID 6.8数据库对DEGs进行GO和KEGG富集分析;基于STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,明确关键基因及核心功能模块;通过将关键基因与医学本体信息检索平台(Coremine Medical)相对应,筛选治疗IM的中药.结果:纳入2个包含IM的基因芯片数据集GSE78523和GSE60427,将2个数据集中IM相关的DEGs取交集获得135个基因,其中上调基因90个、下调基因45个.GO分析结果显示,DEGs主要涉及消化、细胞增殖的调控、细胞间黏附、钠离子跨膜转运、钾离子转运、胆囊收缩素信号通路、单核细胞趋化性、白细胞迁移、细胞外泌体等功能.KEGG通路富集结果显示DEGs显著富集于胃酸分泌、氮代谢、肾素-血管紧张素系统、蛋白质的消化吸收、胰腺分泌5条信号通路.通过对PPI网络的结构分析发现9个关键基因:MUC5AC、DEFA5、MUC17、ALPI、SST、FOXA2、MUC13、GCNT3、OLFM4,筛选治疗IM的潜在中药有枳实、桔梗、党参、甘草、沙参、藿香、苍术、半夏、野菊花、车前草等.结论:DEGs和关键基因的分析促进了对IM发生机制的理解,为IM的中药治疗提供了潜在的基因靶标与研发思路.
文献关键词：
肠上皮化生;差异表达基因;生物信息学;GEO;中药
中图分类号：
作者姓名：
王艳;李园;高颖;褚福浩;苏泽琦;丁霞
作者机构：
北京中医药大学中医学院,北京102488;北京中医药大学东直门医院,北京100700;北京中医药大学北京中医药研究院,北京100029
文献出处：
引用格式：
[1]王艳;李园;高颖;褚福浩;苏泽琦;丁霞-.胃相关性疾病伴肠上皮化生差异表达基因及中药预测的生物信息学分析)[J].中国免疫学杂志,2022(07):808-815
A类：
Rstudio3,GSE78523,GSE60427,DEFA5,ALPI
B类：
肠上皮化生,差异表达基因,中药预测,生物信息学分析,生物信息学方法,IM,关键基因,潜在治疗,治疗靶点,基因芯片,GEO,下载,胃黏膜,基因表达谱,谱数据,DEGs,DAVID,富集分析,STRING,Cytoscape,软件构建,蛋白相互作用,PPI,核心功能,功能模块,信息检索,检索平台,Coremine,Medical,交集,钠离子,跨膜转运,钾离子,离子转运,胆囊收缩素,单核细胞,细胞趋化,趋化性,白细胞迁移,细胞外泌体,通路富集,集结,胃酸分泌,氮代谢,肾素,血管紧张素,消化吸收,MUC5AC,MUC17,SST,FOXA2,MUC13,GCNT3,OLFM4,枳实,桔梗,党参,甘草,沙参,藿香,苍术,半夏,野菊花,车前草,发生机制,中药治疗,靶标,研发思路
AB值：
0.399879
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