典型文献
肾移植术后BK病毒相关性肾病核心基因及免疫微环境的生物信息学分析
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法分析肾移植术后BK病毒相关性肾病(BKVAN)的核心基因及其与浸润的免疫细胞相关性。方法:从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库下载BKVAN相关数据集GSE75693和GSE72925，BK病毒(BKV)血症相关数据集GSE47199。合并GSE75693和GSE72925后筛选差异表达基因(DEGs)，然后进行基因本体生物过程(GOBP)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，并通过蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络进一步筛选核心基因。使用CIBERSORT进行免疫浸润分析，然后计算差异的免疫细胞和核心基因的相关性。最后，在GSE47199数据集筛选BKV血症和BKVAN共同的核心基因，使用基因集富集分析(GSEA)鉴定共同的核心基因分别在BKVAN和BKV血症中的生物过程。所有统计分析及可视化均基于R语言(4.0.2)。P<0.05为差异有统计学意义。结果:在合并数据中共筛选出175个上调及70个下调DEGs。在PPI网络中，通过5种方法交集得到9个核心基因，核心基因主要富集在免疫细胞活化与功能相关的进程；在KEGG分析中，核心基因主要富集在病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体间相互作用、细胞因子-细胞因子受体间相互作用以及趋化因子信号通路等。免疫浸润分析表明PTPRC、CCL5、TYROBP、CXCL10、CD2和CXCL9与BKVAN中浸润的免疫细胞相关。CD2是BKVAN和BKV血症的共同核心基因。结论:通过生物信息学方法筛选出BKVAN的核心基因，其中PTPRC、CCL5、TYROBP、CXCL10、CD2和CXCL9与BKVAN中浸润的免疫细胞相关，CD2是BKVAN和BKV血症的共同核心基因，这些标志物为肾移植术后BKVAN的诊治提供依据。
文献关键词：
肾移植;BK病毒相关性肾病;BK病毒血症;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
董博清;豆猛;张静;冯新顺;郑瑾;李潇;丁小明;薛武军;李杨
作者机构：
710061 西安交通大学第一附属医院肾移植科 西安交通大学器官移植研究所
文献出处：
引用格式：
[1]董博清;豆猛;张静;冯新顺;郑瑾;李潇;丁小明;薛武军;李杨-.肾移植术后BK病毒相关性肾病核心基因及免疫微环境的生物信息学分析)[J].中华移植杂志（电子版）,2022(04):201-209
A类：
GSE75693,GSE72925,GSE47199
B类：
肾移植术后,肾病,核心基因,免疫微环境,生物信息学分析,生物信息学方法,BKVAN,立生,生物技术,信息中心,中心基因,基因表达综合数据库,下载,差异表达基因,DEGs,基因本体,生物过程,GOBP,京都基因与基因组百科全书,通路分析,蛋白相互作用,PPI,CIBERSORT,免疫浸润,基因集富集分析,GSEA,交集,免疫细胞活化,病毒蛋白,细胞因子受体,趋化因子,PTPRC,CCL5,TYROBP,CXCL10,CD2,CXCL9,病毒血症
AB值：
0.212747
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