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典型文献
基于生物信息学探讨GNB2L1基因在肝癌中的表达及其临床价值
文献摘要:
目的:基于生物信息学数据库分析G蛋白β2亚基类似物1(GNB2L1)基因在肝癌中的表达情况,评估其在肝癌发生、发展中的作用及其与生存率的关系。方法:基于GEPIA、UALCAN和HPA数据库分析GNB2L1在肝癌中的表达水平以及其与生存率的关系;cBioPortal数据库分析GNB2L1基因的突变情况及其对生存率的影响;LinkedOmics数据库分析GNB2L1在肝癌中的相关基因,同时进行基因本体论(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书通路富集分析;STRING数据库构建GNB2L1蛋白相互作用网络;TIMER数据库分析GNB2L1基因表达与肝癌免疫浸润的关系。基于mRNA测序技术分析肝癌患者和健康对照血浆血小板中GNB2L1表达的差异。组间数据比较采用独立样本 t检验。 结果:GNB2L1在肝癌组织中表达水平显著升高( P<0.05),其表达与体质量、肝癌分级和分期之间均存在显著相关性( P值均<0.05);GNB2L1低表达组的总体生存率更高( P<0.001)。GNB2L1及其相关基因可能与生物过程调节、代谢过程、蛋白结合、氧化磷酸化、JAK-STAT信号通路、Ras信号通路等相关。GNB2L1与核糖体蛋白S12、S11、L19等存在相互作用,参与了肝脏再生、内源性凋亡信号通路的正性调控等多个生物学过程。GNB2L1表达水平与肝癌中多种免疫细胞的浸润程度均有正相关( P值均<0.05),Cox回归分析结果显示GNB2L1是肝癌患者较低生存率的独立危险因素[风险比值比(95%可信区间)为1.456(1.034~2.051), P=0.031]。肝癌患者血小板中GNB2L1的表达水平显著高于健康对照组(10.40±1.36与9.58±0.51, t=2.194, P=0.037)。 结论:GNB2L1在肝癌中高表达且与生存率密切相关,GNB2L1可能是肝癌的潜在生物标志物。
文献关键词:
肝肿瘤;G蛋白β2亚基类似物1;生物信息学;数据库
作者姓名:
范玲燕;孙春丽;陈昱含;高国生
作者机构:
中国科学院大学宁波华美医院 浙江省消化系统肿瘤诊治及研究重点实验室,宁波 315010;浙江大学国际校区浙江大学爱丁堡大学联合学院,海宁 314400;美国亚特兰大埃默里大学,亚特兰大 30322
文献出处:
引用格式:
[1]范玲燕;孙春丽;陈昱含;高国生-.基于生物信息学探讨GNB2L1基因在肝癌中的表达及其临床价值)[J].中华肝脏病杂志,2022(09):954-961
A类:
B类:
GNB2L1,临床价值,数据库分析,亚基,基类,类似物,GEPIA,UALCAN,HPA,cBioPortal,LinkedOmics,基因本体论,功能注释,京都基因与基因组百科全书通路富集,通路富集分析,STRING,数据库构建,蛋白相互作用网络,TIMER,免疫浸润,肝癌患者,数据比较,肝癌组织,组织中表达,显著相关性,低表达,总体生存率,生物过程,代谢过程,蛋白结合,氧化磷酸化,JAK,STAT,Ras,核糖体蛋白,S12,S11,L19,肝脏再生,内源性,正性,生物学过程,免疫细胞,浸润程度,Cox,风险比,比值比,可信区间,潜在生物标志物,肝肿瘤
AB值:
0.298924
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