目的:应用L1000微干扰数据集筛选治疗骨质疏松症的化合物,通过多种生物信息学的方法评价及细胞学活性验证,旨在发现新的骨质疏松症治疗药物.方法:在GEO数据库中检索与骨质疏松症相关的数据,利用R语言的limma包对数据集进行基因表达量的差异分析;通过MetaScape数据平台对差异表达基因进行通路富集分析.利用分析得到的骨质疏松症差异基因表达谱,在"连接图"数据库的L1000数据集中,匹配潜在治疗化合物.通过Autodock_Vina软件将匹配化合物与骨代谢靶点进行分子对接研究,利用pkCSM数据库对匹配化合物的ADMET(吸收、分布、代谢、排泄、毒性)特征进行计算分析,通过细胞增殖活性实验对候选化合物的活性进行研究.结果:分析骨质疏松症的表达谱数据集,共获得195个与骨质疏松症相关的差异表达基因,表达量显著上调的基因有127个,表达量显著下调的基因有68个;差异表达基因富集的GO生物过程共有146个;富集的KEGG信号通路共有9条,富集的Reactome基因集共有9个.在L1000数据集中匹配到潜在治疗化合物共10个,分别为己烯雌酚、PLX-4720、美西林、KU-C103428N、土大黄苷、马拉韦罗、奎宁、MST-312、利培酮、CO-102862.通过分子对接研究,发现匹配化合物具有多靶点的特性,与化合物对接活性较好的主要有碳酸酐酶Ⅱ(CAⅡ)、孕酮受体(PGR)、雌激素受体β(ERβ)、骨形态发生蛋白2(BMP2)等骨质疏松症的靶点.通过pkCSM数据库对潜在治疗化合物的ADMET性质计算表明,美西林具有较好的ADME性能和较低的毒性,综合评价较好;细胞增殖实验结果显示20μg/mL的美西林对成骨细胞的增殖效果最为显著.结论:通过L1000数据集,筛选得到的骨质疏松症治疗候选化合物美西林,具有较好的ADMET特征和促成骨细胞增殖的活性.

L1000数据集;生物信息学;骨质疏松药物;美西林;成骨细胞增殖;分子对接;信号通路

梁鹏晨;周紫艳;常庆;易清清;孙苗苗;唐晔翎;曹励欧;杨洁

上海大学微电子学院,上海201800;上海健康医学院附属嘉定区中心医院临床科研中心,上海 201800;上海中医药大学研究生院,上海201203;上海健康医学院附属嘉定区中心医院肾内科,上海201800;上海交通大学医学院附属仁济医院肾内科,上海200127;上海健康医学院附属嘉定区中心医院GCP办公室,上海201800

江苏大学学报（医学版）

[1]梁鹏晨;周紫艳;常庆;易清清;孙苗苗;唐晔翎;曹励欧;杨洁-.基于L1000数据集筛选骨质疏松症的潜在治疗化合物)[J].江苏大学学报（医学版）,2022(01):1-7,12

L1000,pkCSM,美西林,C103428N

骨质疏松症,潜在治疗,干扰数据,方法评价,细胞学,活性验证,治疗药物,GEO,limma,基因表达量,MetaScape,差异表达基因,通路富集分析,利用分析,差异基因表达,基因表达谱,Autodock,Vina,匹配化,骨代谢,分子对接,对接研究,ADMET,排泄,过细,细胞增殖活性,谱数据,共获,基因富集,生物过程,Reactome,配到,为己,己烯雌酚,PLX,KU,土大黄苷,马拉,奎宁,MST,利培酮,多靶点,接活,碳酸酐酶,CA,孕酮受体,PGR,雌激素受体,ER,骨形态发生蛋白,BMP2,细胞的增殖,增殖效果,选得,物美,促成骨,成骨细胞增殖,骨质疏松药物

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