典型文献
匙指虾科线粒体基因组结构与系统进化分析
文献摘要：
为深入研究匙指虾科Atyidae物种鉴定、分类及遗传进化等相关内容,利用DnaSP 6、PhyML 3.1、MEGA 5.0、MrBayes 3.2.6及BEAST 2.6.3软件对NCBI数据库中24个匙指虾科物种线粒体全基因组序列进行了分析.结果表明:匙指虾科物种线粒体基因组长度为15318～16430 bp,AT含量为62.20％～70.19％;24个匙指虾科物种线粒体基因组基因的组成和排列模式保持一致;线粒体基因组差异位点分析显示,nd5和nd4基因变异位点比例较高且变异位点数最多;基于13个蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)的核苷酸序列系统进化分析显示,除Paratyinae亚科为单系群外,Typhlatyinae和Caridellinae亚科均为非单系群,三者亲缘关系较近且聚为一大支,与单独成为一个类群的Atyinae成姊妹关系;根据分子钟估算结果推测,Paratyinae、Typhlatyinae和Caridellinae亚科物种最近的共同祖先可能出现在石炭纪中期到二叠纪时段,Atyinae亚科物种最近的共同祖先可能出现在二叠纪早期到侏罗纪时段,随后进一步分化为具有现代特征的匙指虾科种类.研究表明,nd5和nd4基因可作为匙指虾理想的分子标记进行物种遗传分析,Typhlatyinae和Caridellinae的单系性仍存在争议,地理板块运动对匙指虾科物种分化具有重要影响.
文献关键词：
匙指虾科;线粒体基因组;系统发育
中图分类号：
作者姓名：
朱陇强;朱志煌;朱雷宇;王定全;王健鑫;林琪
作者机构：
福建省水产研究所 福建省海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室,福建 厦门 361013;浙江海洋大学 海洋微生物分子生态与应用实验室,浙江 舟山316022
文献出处：
引用格式：
[1]朱陇强;朱志煌;朱雷宇;王定全;王健鑫;林琪-.匙指虾科线粒体基因组结构与系统进化分析)[J].大连海洋大学学报,2022(03):428-434
A类：
匙指虾科,Atyidae,PhyML,nd5,Paratyinae,Typhlatyinae,Caridellinae,Atyinae
B类：
线粒体基因组,基因组结构,系统进化分析,物种鉴定,遗传进化,DnaSP,MEGA,MrBayes,BEAST,NCBI,线粒体全基因组,全基因组序列,组长,bp,AT,保持一致,nd4,基因变异,变异位点,数最多,蛋白质编码基因,protein,coding,genes,PCGs,亚科,单系群,亲缘关系,类群,姊妹,分子钟,共同祖先,石炭纪,二叠纪,纪时,侏罗纪,分子标记,遗传分析,板块运动,物种分化,系统发育
AB值：
0.282759
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