典型文献
祁连山黄参叶片转录组测序及生物信息学分析
文献摘要：
在《本草纲目》中黄参被誉为"小人参",以黄参叶片为试材,采用高通量测序平台BGISEQ-500进行转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释.结果表明:1)利用组装软件,获得99981个Unigene,总长度是113850816 bp,平均长度是1138 bp,N50的长度是1874 bp,GC含量是39.93％.2)将Unigene比对到7大功能数据库进行注释,分别有49390(NT:49.40％)、48281(SwissProt:48.29％)、61116(KOG:61.13％)以及55859(Pfam:55.87％)个Unigene获得功能注释.3)比对到NR数据库共有66451条,黄参与胡萝卜Daucus carota subsp.sativus有较高同源性,与其他物种的同源性较低.4)基因本体(gene ontology,GO)数据库注释显示,有78040条Unigene得到注释,按功能分为生物过程、细胞组分、分子功能三大类,分别有15、11、14个亚类,其中执行生物过程的类区较多.5)51479条Unigene富集在KEGG数据库的20条代谢通路中.6)在KOG数据库中,有61116条Unigene被分配到26个基因功能大类中,参与功能预测、信号转导、翻译、修饰及蛋白质运输的基因最多.7)使用Transdecoder检测出62323个CDS,检测出17308个SSR(simple sequence repeats)分布于13256个Unigene中,双核苷酸重复基元类型最为丰富(6721,占38.83％);预测出2370个编码转录因子的Unigene.黄参遗传信息丰富,本文研究结果将为揭示黄参遗传背景、分子标记研究、开展其功能基因组分析等提供基础数据,也为黄参的综合利用及研发奠定基础.
文献关键词：
黄参;转录组;功能基因;生物信息学;SSR标记
中图分类号：
作者姓名：
张春梅;闫芳;宋海;张喜峰;陈叶
作者机构：
河西学院农业与生态工程学院, 甘肃张掖734000;甘肃省河西走廊特色资源利用重点实验室, 甘肃张掖734000;河西学院生态与绿洲农业研究院, 甘肃张掖734000
文献出处：
引用格式：
[1]张春梅;闫芳;宋海;张喜峰;陈叶-.祁连山黄参叶片转录组测序及生物信息学分析)[J].广西师范大学学报（自然科学版）,2022(06):247-256
A类：
Transdecoder
B类：
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AB值：
0.399377
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