典型文献
横纹肌肉瘤预后相关的潜在基因靶点研究
文献摘要：
目的 采用微阵列技术筛选横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma,RMS)组织与正常骨骼肌组织的核心差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),分析DEG对其生存时间的影响.方法 GSE28511数据集在基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载获得,包含18例RMS组织样本(10例腺泡状横纹肌肉瘤组织,8例胚胎性横纹肌肉瘤组织)和6例正常骨骼肌样本.使用GEO2R检测RMS和正常组织之间的DEG.进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和基因本体论(gene ontology,GO)通路富集分析,构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,识别重要模块和核心基因,并对核心基因进行生存分析和表达分析.结果 RMS组织中有181个DEG.GO分析显示,变异主要富集于肌肉收缩、横纹肌收缩、肌节组织、肌原纤维组装、心脏收缩力调节、肌肉收缩调节、横纹肌收缩调节、Z盘、肌原纤维、肌球蛋白、胞液、肌节、肌肉结构成分和肌动蛋白结合等.KEGG分析显示,DEG在心肌收缩通道、心肌细胞的肾上腺素能信号、糖酵解和糖异生、钙信号通路、氨基酸的生物合成和细胞周期中大量富集.PPI网络共有134个节点和986条相互作用关系.共鉴定了 4个核心基因(TTN、TNNI2、TNNT3、NEB),其中NEB基因在RMS高表达时,患者生存时间较短(P＜0.05).结论 生物信息学技术可用于探讨RMS的发病机制.RMS与正常组织之间存在差异,NEB基因在RMS组织中高表达,NEB基因可能作为RMS早期诊断和特异性治疗的生物标志物.
文献关键词：
横纹肌肉瘤;差异表达基因;蛋白-蛋白相互作用网络;生物信息学;核心基因
中图分类号：
作者姓名：
袁征;赵昌松;高峥嵘;张强
作者机构：
100015 首都医科大学附属北京地坛医院骨科
文献出处：
引用格式：
[1]袁征;赵昌松;高峥嵘;张强-.横纹肌肉瘤预后相关的潜在基因靶点研究)[J].北京医学,2022(07):603-608
A类：
GSE28511
B类：
基因靶点,微阵列,技术筛选,rhabdomyosarcoma,RMS,骨骼肌,肌组织,差异表达基因,differentially,expressed,gene,DEG,生存时间,基因表达数据库,Expression,Omnibus,下载,泡状,胚胎性横纹肌肉瘤,GEO2R,正常组织,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,基因本体论,ontology,通路富集分析,protein,interaction,PPI,核心基因,生存分析,表达分析,肌肉收缩,肌节,肌原纤维,肌球蛋白,肌肉结构,肌动蛋白,蛋白结合,心肌收缩,心肌细胞,肾上腺素,糖酵解,糖异生,钙信号通路,生物合成,细胞周期,相互作用关系,TTN,TNNI2,TNNT3,NEB,生物信息学技术,特异性治疗,生物标志物,蛋白相互作用网络
AB值：
0.332993
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
