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龙眼全基因组和转录本序列SSR位点的鉴定
文献摘要：
基于龙眼基因组和转录本数据,共鉴定了260204个SSR位点,平均每1 Mb含有538.24个SSR位点.在全基因组中,二核苷酸重复基序所占比例最大,为36％;在转录本中,三核苷酸重复基序所占比例最大,达50％.在基因组序列和转录本中,发现不同长度基序的SSR重复次数的分布规律基本相似,均表现为基序越短,重复次数越多,出现频率越高.在全基因组中,共有20761个基因含有SSR位点,16381个基因不含SSR位点,SSR位点多分布于基因的内含子区域.此外,龙眼及其近缘种全基因组SSR分布规律比较分析表明,龙眼SSR的分布规律与荔枝最为相似,龙眼与荔枝的近缘关系也高于其他物种;在本研究所有物种的SSR序列中,A+T含量均显著高于G+C含量,表明含有A/T核苷酸的SSR位点在无患子科植物中的含量尤为丰富.
文献关键词：
龙眼;基因组序列;转录本;SSR标记;特征鉴定
中图分类号：
作者姓名：
林恩文;林榕榕;陈钦常;雷雯;徐秀明;方静平
作者机构：
福建师范大学生命科学学院,福建 福州350117;厦门大学环境与生态学院滨海湿地生态系统教育部重点实验室,福建 厦门361102
文献出处：
引用格式：
[1]林恩文;林榕榕;陈钦常;雷雯;徐秀明;方静平-.龙眼全基因组和转录本序列SSR位点的鉴定)[J].福建农林大学学报（自然科学版）,2022(04):493-501
A类：
B类：
龙眼,全基因组,转录本,SSR,Mb,基序,基因组序列,同长,复次,越短,内含子区域,近缘种,荔枝,所有物,A+T,G+C,无患子,特征鉴定
AB值：
0.238528
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