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白腐真菌降解麦麸纤维关键基因挖掘
文献摘要：
白腐真菌是已知能高效降解木质纤维素的微生物之一,为预测和筛选白腐真菌与麦麸纤维降解有关的基因,对白腐菌A.polytricha 5.584分别以麦麸纤维和葡萄糖为单一碳源的液态培养环境下的转录组进行高通量测序,并利用GO等数据库对转录本进行比较分析.转录组测序共得到38.18 Gb数据,各样品的Clean Reads与参考基因组的比对效率在 86.29％～88.85％之间,FPKM 密度分布表明分组合理且组间存在差异;使用DEGseq筛选差异表达基因,并与七大功能数据库系统开展比对注释,共得到上调基因8214条,下调基因 3882 条,其中有 8638 个被注释到 GO 数据库,4310 个被注释到KEGG数据库;使用DIAMOND软件对差异表达基因进行蛋白互作分析,筛选出互作关系评分≥300 的网络关系作图,得到5个与白腐菌降解麦麸纤维相关的重要关键基因:CL16.Contig1_All、CL1024.Con-tig1_All、CL2915.Contig1_All、CL710.Contig10_All、CL3860.Contig3_All,为深入研究白腐菌对麦麸膳食纤维的降解机制提供参考.
文献关键词：
白腐菌;降解;麦麸纤维;转录组;关键基因
中图分类号：
作者姓名：
宋鑫;苏浩;蒋诗雨;李力
作者机构：
河南工业大学 粮油食品学院,河南 郑州 450001;四子王旗市场监督管理局,内蒙古 乌兰察布 011800
文献出处：
引用格式：
[1]宋鑫;苏浩;蒋诗雨;李力-.白腐真菌降解麦麸纤维关键基因挖掘)[J].河南工业大学学报（自然科学版）,2022(05):94-101
A类：
polytricha,DIAMOND,CL16,Contig1,CL1024,tig1,CL2915,CL710,Contig10,CL3860,Contig3
B类：
白腐真菌,麦麸纤维,关键基因,基因挖掘,木质纤维素,纤维降解,白腐菌,碳源,液态,培养环境,转录本,转录组测序,Gb,Clean,Reads,参考基因,FPKM,密度分布,DEGseq,差异表达基因,数据库系统,蛋白互作分析,互作关系,网络关系,作图,All,麦麸膳食纤维,降解机制
AB值：
0.263745
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