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典型文献
KPNA2基因在结直肠癌中的表达与患者预后关系的生物信息学分析
文献摘要:
目的 探讨核转运蛋白(Karyopherinα2,KPNA2)基因mRNA在人结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中的表达、生物学功能、相关信号通路以及和患者预后的相关性.方法 癌症基因组图谱数据库(TCGA)分析KPNA2基因在CRC患者癌组织和正常肠上皮中的差异表达.STRING数据库构建KPNA2基因编码蛋白相互作用网络.Pearson相关分析与KPNA2基因共表达基因及其相关系数.Log-rank检验分析KPNA2基因高低表达组CRC患者总生存(OS)和无疾病进展生存(DFS)有无差异.结果 KPNA2基因在CRC患者肿瘤组织中的表达水平显著高于正常组织(P<0.05).KPNA2基因与其他蛋白相互作用指数为11.0,区域聚类指数为0.72,各个蛋白呈现明显的聚类表达(P<0.05).KPNA2基因编码产物主要定位于细胞核、蛋白复合体和细胞膜,其分子功能主要富集于蛋白结合、酶活性调节和核蛋白结合,而生物学过程主要为细胞生物学过程调节、代谢调节和细胞增殖.信号通路主富集于p53信号通路(肿瘤抑制信号通路)、细胞衰老信号通路以及细胞周期信号通路.Pearson相关性分析显示,PSMD12与KPNA2基因表达水平上存在正相关(r=0.74,P<0.05),而YPEL3与KPNA2基因表达存现负相关(r=-0.48,P<0.05).KPNA2基因低表达CRC患者总生存优于高表达患者(HR=0.51,P<0.05),而CRC患者无疾病进展生存在高低组间无明显差异(HR=0.80,P>0.05).结肠癌患者KPNA2基因低表达组总生存优于高表达组(HR=0.42,P<0.05),而直肠癌患者KPNA2基因表达水平与患者总生存和无疾病进展生存无明显相关性(P>0.05).结论 KPNA2基因CRC患者肿瘤组织中呈现高表达,且高表达者总生存期较短.KPNA2基因有可能作为CRC患者预后的分子标志物.
文献关键词:
结直肠癌;KPNA2基因;表达水平;生存分析;信号通路
作者姓名:
姜作龙
作者机构:
天津市北辰医院,天津 300400
引用格式:
[1]姜作龙-.KPNA2基因在结直肠癌中的表达与患者预后关系的生物信息学分析)[J].首都食品与医药,2022(07):26-29
A类:
Karyopherin,YPEL3
B类:
KPNA2,结直肠癌,预后关系,生物信息学分析,核转运蛋白,colorectal,cancer,CRC,生物学功能,癌症基因组图谱数据库,TCGA,癌组织,差异表达,STRING,数据库构建,基因编码,编码蛋白,蛋白相互作用网络,共表达基因,Log,rank,检验分析,低表达,OS,疾病进展,DFS,肿瘤组织,正常组织,区域聚类,类指,细胞核,复合体,细胞膜,蛋白结合,核蛋白,生物学过程,细胞生物学,代谢调节,p53,肿瘤抑制,细胞衰老,细胞周期信号通路,PSMD12,基因表达水平,存现,结肠癌患者,总生存期,分子标志物,生存分析
AB值:
0.251494
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