典型文献
关岭牛TBC1 D7基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析
文献摘要：
为探究关岭牛TBC1D7(TBC1 domain family,member 7)基因单核苷酸多态性(single nucleotide poly-morphism sites,SNPs)对其生长性状的影响.以贵州关岭牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增后直接测序法对关岭牛TBC1D7基因进行SNPs检测,并对其进行生物信息学分析.结果显示:关岭牛TBC1D7基因蛋白质编码区(CDS)全长882 bp,编码氨基酸293个,形成了一种不稳定的可溶性蛋白.该蛋白中不存在跨膜区域且不存在信号肽,为非分泌蛋白.蛋白中存在6个潜在的N-糖基化位点,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;在关岭牛TBC1D7基因CDS区共发现了4个同义突变位点,分别为c.402T>C、c.414A>G、c.609C>T和c.648T>C.4个突变位点均导致关岭牛TBC1D7基因mRNA二级结构、自由能和基因频率发生变化.本实验筛查到关岭牛TBC1D7基因4个SNPs位点,表明关岭牛TBC1D7基因多态性丰富,为进一步研究TBC1D7基因变异和关岭牛生长发育性状的相关性提供理论基础.
文献关键词：
关岭牛;TBC1D7基因;单核苷酸多态性;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
刘鹏程;张继;邱淦远;龚俞;李雪松;李维;张依裕;刘若余
作者机构：
贵州大学 动物科学学院,高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,贵州贵阳550025;贵州省畜禽遗传资源管理站,贵州贵阳550001
文献出处：
引用格式：
[1]刘鹏程;张继;邱淦远;龚俞;李雪松;李维;张依裕;刘若余-.关岭牛TBC1 D7基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析)[J].浙江农业学报,2022(07):1402-1411
A类：
TBC1,TBC1D7,402T,414A,609C,648T
B类：
关岭牛,单核苷酸多态性,生物信息学分析,domain,family,member,single,nucleotide,poly,morphism,sites,SNPs,生长性状,混合池,直接测序,编码区,CDS,全长,bp,可溶性蛋白,信号肽,非分,分泌蛋白,糖基化位点,二级结构,无规则,卷曲,同义突变,突变位点,自由能,基因频率,查到,基因多态性,基因变异,生长发育性状
AB值：
0.222512
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