典型文献
多重生物信息分析预测免疫相关基因FN1为干燥综合征发病核心基因
文献摘要：
目的:利用多重生物信息分析挖掘和预测干燥综合征(SS)发病过程的核心基因及关键通路.方法:GEO数据库下载SS基因数据GSE97614,利用R语言中limma数据包进行均一化数据处理,GEO2R分析筛选差异表达基因(DEGs).多重生物信息分析软件对GSE97614数据进行分析.DAVID在线软件对DEGs进行GO分析及KEGG信号通路预测.STRING在线软件对DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析.Cytoscape对互作网络结果进行可视化处理,并应用内置软件cytohubba筛选出SS发病的核心基因.结果:GSE97614包含9例SS患者及3例正常对照者,共对32321个基因进行检测,limma数据包均一化数据处理并筛选出96个差异上调和65个差异下调表达的基因.基因热图显示全部DEGs具有可聚类性.GO分析主要富集于细胞外基质、细胞外间隙及整合素结合过程.信号通路主要富集于MAPK通路及VEGF通路.PPI网络显示共有141个基因间存在224条联系,cytohubba计算出FN1、IL1B、TIMP1、THBS1、PLAU、SERPINE1、FOS、ITGB3、VCAN、ADAMTS1为前10位发病核心基因.其中FN1综合分析得分为32分,ADAMTS1综合分析得分为10分.结论:多重生物信息分析发现免疫相关基因FN1为SS发病过程的核心基因,可能作为SS快速诊断和治疗的血清标志物及潜在的药物干预靶点.
文献关键词：
生物信息学;GEO数据库;核心基因;信号通路
中图分类号：
作者姓名：
薛娜;肖莹;董晶;孙伟
作者机构：
吉林省白城医学高等专科学校,白城137000;吉林大学第二医院急诊科,长春130000;长春市二道区妇幼保健计划生育服务中心,长春130000
文献出处：
引用格式：
[1]薛娜;肖莹;董晶;孙伟-.多重生物信息分析预测免疫相关基因FN1为干燥综合征发病核心基因)[J].中国免疫学杂志,2022(23):2847-2851
A类：
GSE97614
B类：
重生,生物信息分析,分析预测,免疫相关基因,FN1,干燥综合征,征发,核心基因,SS,下载,基因数据,言中,limma,数据包,均一化,GEO2R,差异表达基因,DEGs,DAVID,STRING,蛋白互作,PPI,Cytoscape,互作网络,可视化处理,内置,cytohubba,正常对照,共对,热图,细胞外基质,细胞外间隙,整合素,MAPK,VEGF,IL1B,TIMP1,THBS1,PLAU,SERPINE1,FOS,ITGB3,VCAN,ADAMTS1,快速诊断,诊断和治疗,血清标志物,药物干预,干预靶点
AB值：
0.371743
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