典型文献
miR-23b靶向ITGAM调控巨噬细胞极化参与糖尿病肾病的生信分析
文献摘要：
对美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)-基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中人单核细胞源巨噬细胞的基因组芯片进行生物信息学分析,寻找巨噬细胞极化参与糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)肾纤维化的关键基因,预测潜在的上游miRNA,探索疾病治疗的新靶点.从GEO数据库中采集人单核细胞源巨噬细胞的基因组表达数据,使用在线工具GEO2R下载数据并筛选差异表达基因,通过WebGestalt数据库对差异表达基因进行GO和KEGG分析,通过STRING v11.0数据库构建差异表达基因的蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并应用Cytoscape v3.7.2软件进行可视化分析;采用cytoHubba插件分析PPI网络的关联程度并筛选关键表达基因.研究通过在线工具GEO2R筛选出289个表达上调的差异基因,GO分析发现M2型巨噬细胞上调表达的差异基因多在细胞外基质(extracellular matrix,ECM)形成、细胞通讯调节、抗原加工提呈、免疫反应以及炎症反应等生物学过程中富集;在ECM、细胞膜、内膜系统和溶酶体等细胞及相关组分中富集;在抗原结合、蛋白质活性和分子功能调节等分子功能中富集;KEGG分析发现差异表达基因在瞬时受体电位(transient receptor potential,TRP)通道的炎性介质调节和 Ras 相关蛋白 1(Ras-related protein 1,Rap1)等信号通路中富集.整合素 αM(integrin αM,ITGAM)、CD1A、CD1E、FCGR2B、ITGAE、CD1C、CD1B、SDC1、MRC1、CD209、CR1、CDH1、MYC、FN1、PPARG、FOS、PIK3R1、CAT、P2RY1、CYSLTR1、GNAQ、PLCB1、NMB、LPL和ABCG2等是关键基因.对筛选出的关键基因ITGAM上游的miRNA进行预测,结果表明,hsa-miR-23b-3p、hsa-miR-125a-5p,hsa-miR-761 和 hsa-miR-4319 等可调控 ITGAM 的表达.miR-23b 可能通过靶向作用于巨噬细胞中的ITGAM调控其向M2型巨噬细胞极化,参与DN炎症和纤维化过程的调节.
文献关键词：
微小核糖核酸;整合素αM;巨噬细胞;生物信息学;糖尿病肾病
中图分类号：
作者姓名：
张颖超;米焱;王彩丽
作者机构：
内蒙古科技大学包头医学院第一附属医院 肾内科,包头 014010;内蒙古科技大学包头医学院,包头 014040
文献出处：
引用格式：
[1]张颖超;米焱;王彩丽-.miR-23b靶向ITGAM调控巨噬细胞极化参与糖尿病肾病的生信分析)[J].现代免疫学,2022(05):401-408
A类：
CD1A,CD1E,ITGAE,CD1C,P2RY1,CYSLTR1
B类：
23b,ITGAM,巨噬细胞极化,糖尿病肾病,生信分析,生物技术,信息中心,National,Center,Biotechnology,Information,NCBI,基因表达综合数据库,Gene,Expression,Omnibus,人单核细胞,组芯,生物信息学分析,diabetic,nephropathy,DN,肾纤维化,关键基因,miRNA,疾病治疗,新靶点,GEO2R,下载数据,差异表达基因,WebGestalt,STRING,v11,数据库构建,蛋白质相互作用,protein,interaction,PPI,Cytoscape,v3,cytoHubba,插件,关联程度,选关,差异基因,M2,细胞外基质,extracellular,matrix,ECM,细胞通讯,抗原加工,免疫反应,生物学过程,中富,细胞膜,内膜系统,溶酶体,抗原结合,功能调节,瞬时受体电位,transient,receptor,potential,TRP,炎性介质,质调节,Ras,related,Rap1,整合素,integrin,FCGR2B,CD1B,SDC1,MRC1,CD209,CR1,CDH1,MYC,FN1,PPARG,FOS,PIK3R1,CAT,GNAQ,PLCB1,NMB,LPL,ABCG2,hsa,3p,125a,5p,可调控,微小核糖核酸
AB值：
0.447681
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
