典型文献
脂肪干细胞成骨分化的转录因子-miRNA-mRNA网络分析
文献摘要：
背景:脂肪干细胞来源广泛、易于获取,人脂肪组织来源的干细胞进入分化骨细胞涉及基因表达的变化主要受miRNA和转录因子调节,但调节脂肪干细胞成骨分化的转录因子-miRNA-mRNA调控网络尚未建立.目的:筛选脂肪干细胞成骨分化过程中的差异表达基因、差异表达miRNA及转录因子,探讨脂肪干细胞成骨分化过程中的转录因子-miRNA-mRNA调控网络及其潜在的靶基因、miRNA和转录因子.方法:从GEO数据库获取3张芯片(GSE37329,GSE63754 mRNA数据芯片2张,GSE72429 miRNA数据芯片1张),筛选差异表达基因和差异表达miRNA;差异表达基因进行PPI网络、GO功能和KEGG信号通路分析;随后差异表达基因预测上游miRNA,差异表达miRNA预测转录因子,通过Cytoscape3.7.1软件构建转录因子-miRNA-mRNA网络图.结果 与结论:筛选出86个差异表达基因(26个上调,60个下调)、16个差异表达miRNA(10个上调,6个下调);PPI网络中蛋白互作共表达的占76.52％,协同定位的占8.69％;GO功能富集分析主要在对经典Wnt信号通路的负调控、软骨发育的负调控等功能相关,KEGG信号通路涉及酪氨酸代谢、脂肪酸降解等信号通路;差异表达基因预测到11381个miRNA及差异miRNA预测到55个转录因子,构建转录因子-miRNA-mRNA调控网络.脂肪干细胞成骨分化过程中的关键基因可能是PODXL、SEMA3D、ADGRG6、LGR4、LPL、CADM3、GRIA1、GPM6B、RERG、APCDD1和NRCAM,重要的miRNA有hsa-miR-502-3p、hsa-miR-762和hsa-miR-1275,核心转录因子是CTCF、TAL1、STAT2、STAT1和TCF3.结果 显示,通过生物信息学技术和数据库挖掘等方法构建的转录因子-miRNA-mRNA调控网络,为脂肪干细胞成骨分化的深入研究提供潜在的治疗靶标.
文献关键词：
脂肪干细胞;成骨分化;转录因子;生物信息学;miRNA;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
余春波;李大玉;范芳;李长福
作者机构：
遵义医科大学基础医学院,贵州省遵义市 563000
文献出处：
引用格式：
[1]余春波;李大玉;范芳;李长福-.脂肪干细胞成骨分化的转录因子-miRNA-mRNA网络分析)[J].中国组织工程研究,2022(24):3908-3913
A类：
GSE37329,GSE63754,GSE72429,PODXL,SEMA3D,ADGRG6,CADM3,GRIA1,GPM6B,APCDD1,NRCAM
B类：
脂肪干细胞,成骨分化,miRNA,脂肪组织,骨细胞,调控网络,差异表达基因,靶基因,GEO,PPI,通路分析,Cytoscape3,软件构建,网络图,蛋白互作,共表达,协同定位,功能富集分析,Wnt,负调控,软骨,骨发育,酪氨酸,酸代谢,关键基因,LGR4,LPL,RERG,hsa,3p,CTCF,TAL1,STAT2,STAT1,TCF3,生物信息学技术,靶标
AB值：
0.201517
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