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基因差异表达谱及WGCNA构建骨质疏松症miRNA-mRNA调控网络
文献摘要：
目的 通过基因差异表达谱及加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建并分析骨质疏松症相关的miRNA-mRNA调控网络,全面阐释骨质疏松症的发病机制.方法 首先在GEO数据库中获取微阵列数据集,进行差异分析及WGCNA分析,获取差异miRNA和临床相关性最高的模块基因,并取交集.预测潜在上游转录因子及下游靶基因.同时,获取差异表达mRNA并与预测靶基因取交集得到关键miRNA目标靶基因,进行目标靶基因GO和KEGG通路富集分析.通过String获取目标靶基因PPI关系文件,然后通过Cytoscape构建并分析miRNA-mRNA网络.结果 共得到6个与骨质疏松症疾病相关的关键miRNA,其中2个差异性上调、4个差异性下调,其主要转录因子为SP4、LHX3、NFIC、MYC和VSX2.通过将预测得到的关键miRNA靶基因和差异表达mRNA取交集,获得目标靶基因52个.GO和KEGG富集分析显示目标靶基因涉及多个生物学进程及通路,其中趋化因子信号通路、P53信号通路值得关注.结论 骨质疏松症miRNA-mRNA表达是通过多途径、多靶点进行调控的,hsa-mir-4500、CDKN1A、MAP2K7组成其核心调控网络.本研究为深入探讨骨质疏松症的分子机制提供了新的思路,发现了新的潜在靶点,对阐明其发病机制及防治药物的开发具有重要的指导意义.
文献关键词：
骨质疏松症;加权基因共表达网络分析;微型核糖核酸;调控网络
中图分类号：
作者姓名：
林适;林燕平;黄佳纯;袁嘉尧;连晓航;林贤灿;万雷;黄宏兴
作者机构：
广州中医药大学第三临床医学院,广东 广州510000;广州中医药大学第三附属医院,广东 广州510240
文献出处：
引用格式：
[1]林适;林燕平;黄佳纯;袁嘉尧;连晓航;林贤灿;万雷;黄宏兴-.基因差异表达谱及WGCNA构建骨质疏松症miRNA-mRNA调控网络)[J].中国骨质疏松杂志,2022(06):787-793,801
A类：
NFIC,VSX2,MAP2K7,微型核糖核酸
B类：
基因差异表达,表达谱,WGCNA,骨质疏松症,miRNA,调控网络,加权基因共表达网络分析,GEO,微阵列数据,临床相关性,交集,游转,靶基因,标靶,通路富集分析,String,PPI,Cytoscape,疾病相关,SP4,LHX3,MYC,趋化因子,P53,多途径,多靶点,hsa,mir,CDKN1A,潜在靶点,防治药物
AB值：
0.228331
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