典型文献
基于转录组数据的毛蚶SSR分子标记开发与评价
文献摘要：
本研究基于毛蚶(Scapharca subcrenata)的转录组数据,利用MISA软件对其中的微卫星位点进行挖掘.从35 555条unigene中共获得3987个SSR,SSR出现频率达11.21％.SSR重复类型主要以二核苷酸重复为主(58.06％),其次为三核苷酸重复(19.04％).共有182种重复基元,不同类型SSR的重复基元分布特征不同,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT类型比例最高,为45.70％.毛蚶转录组中SSR重复次数主要集中在5～7次,SSR长度主要集中在12～29 bp,多态性均在中等以上.利用筛选出的14对SSR引物在山东潍坊毛蚶野生群体中进行遗传多样性分析,结果显示,平均有效等位基因数(Na)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和多态性信息含量(PIC)分别为15.4、0.682、0.852和0.817,从PIC值来看,本研究开发的14个微卫星标记均属高多态性标记(PIC≥0.5).此外,有7个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)(P＜0.05).结果表明,基于毛蚶转录组数据开发微卫星标记是切实可行的,研究结果丰富了毛蚶的分子标记数量,对毛蚶的种群遗传学分析、遗传图谱构建及分子辅助育种等研究具有重要意义.
文献关键词：
毛蚶;转录组;SSR;遗传多样性
中图分类号：
作者姓名：
陈丽梅;李莉;石栩蔚;秦艺铭;刘利华;郭永军
作者机构：
天津农学院水产学院 天津市水产生态及养殖重点实验室 天津 300384;山东省海洋生物研究院 山东 青岛 266104
文献出处：
引用格式：
[1]陈丽梅;李莉;石栩蔚;秦艺铭;刘利华;郭永军-.基于转录组数据的毛蚶SSR分子标记开发与评价)[J].渔业科学进展,2022(03):129-137
A类：
分子标记数量
B类：
转录组数据,毛蚶,SSR,分子标记开发,Scapharca,subcrenata,MISA,星位,unigene,共获,重复类型,基元,AC,GT,类型比例,复次,bp,引物,山东潍坊,野生群体,遗传多样性分析,等位基因,Na,杂合度,Ho,He,多态性信息含量,PIC,研究开发,微卫星标记,个位,哈迪,温伯格,Hardy,Weinberg,equilibrium,HWE,数据开发,种群遗传学,遗传学分析,遗传图谱构建,分子辅助育种
AB值：
0.383651
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