典型文献
绒杜父鱼全基因组survey分析及微卫星分布特征
文献摘要：
绒杜父鱼(Hemitripterus villosus)为西北太平洋近海重要的经济鱼类,近年来其渔业资源呈现过度开发及衰退的趋势.为评估绒杜父鱼基因组基本信息,开发基因组范围内遗传标记,以期为资源管理和保护工作提供参考,本研究对绒杜父鱼开展全基因组survey分析,k-mer分析表明绒杜父鱼基因组大小约为713.18 Mb,杂合率为0.26％,重复序列的比例为38.61％.基因组初步组装结果显示,Contig N50和Scaffold N50分别为7433 bp、19388 bp.在整个基因组范围内,总共检测到583498个微卫星位点,相对丰度为1010个/Mb.其中二碱基重复比例最高(55.61％),单碱基重复次之(33.39％).在二、三碱基重复中主要是AC/GT和AGG/CCT类型,微卫星重复拷贝数主要集中在5～17次.研究结果表明,绒杜父鱼基因组为简单基因组,可以用"Illumina+PacBio+Hi-C"的测序策略组装出高质量全基因组序列,而经过筛选的微卫星位点也能为后续的遗传学研究提供有效的分子标记.本研究结果可以为绒杜父鱼进化生物学和遗传学研究提供基础资料.
文献关键词：
绒杜父鱼;高通量测序技术;全基因组survey;微卫星标记
中图分类号：
作者姓名：
赵蕊蕊;徐胜勇
作者机构：
浙江海洋大学水产学院,浙江舟山316022
文献出处：
引用格式：
[1]赵蕊蕊;徐胜勇-.绒杜父鱼全基因组survey分析及微卫星分布特征)[J].中国水产科学,2022(07):994-1001
A类：
绒杜父鱼,Hemitripterus,villosus,Illumina+PacBio+Hi
B类：
survey,西北太平洋,近海,经济鱼类,渔业资源,遗传标记,保护工作,mer,基因组大小,Mb,杂合率,重复序列,Contig,N50,Scaffold,bp,总共,星位,相对丰度,中二,碱基,复比例,复次,AC,GT,AGG,CCT,拷贝数,单基因,装出,全基因组序列,过筛,遗传学研究,分子标记,进化生物学,基础资料,高通量测序技术,微卫星标记
AB值：
0.294561
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