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典型文献
香猪CHD3基因3'-侧翼区264 bp结构变异的研究
文献摘要:
[目的]探究染色质调节域解旋酶DNA结合蛋白3(chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3,CHD3)基因3'-侧翼区的一段264 bp核苷酸结构变异对CHD3基因表达的影响,并初步解析该结构变异与香猪皱皮形成的关系.[方法]以普通香猪、皱皮香猪、大白猪为研究对象,应用UCSC、miRBase、miRanda、RBPsuite软件预测CHD3基因结构变异区间所包含的重复元件、miRNA结合位点、RNA结合蛋白(RBP)的结合位点;采用PCR方法对结构变异位点进行基因分型;利用Excel完成群体基因型频率和等位基因频率的计算,同时x2检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态;用实时荧光定量PCR和Western blotting检测该变异对CHD3基因表达的影响.[结果]生物信息学分析显示,CHD3基因3'-侧翼区的结构变异是1个长254 bp的短散在元件(SINE),属于tRNA家族,位于Chr12:53 115 742-53 115 995,该片段含有35个miRNA结合位点和10个RBP结合位点.基因分型显示,在皱皮香猪、普通香猪、大白猪3个猪群中均检测到了 Ⅱ基因型(插入型)、ID基因型(杂合型)、DD基因型(双缺失),表明CHD3基因3'-侧翼区的264 bp结构变异在猪群中呈现丰富的多态性.基因型群体分布频率显示,皱皮香猪中的D等位基因频率极显著高于普通香猪和大白猪(P<0.01),该结构变异在皱皮香猪和普通香猪中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在大白猪中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).实时荧光定量PCR和Western blotting检测显示,香猪皮肤中CHD3基因的DD基因型和ID基因型mRNA和蛋白表达量均极显著高于Ⅱ基因型(P<0.01).[结论]CHD3基因3'-侧翼区的264 bp结构变异是1个具有调控作用的SINE元件,通过RNA结合蛋白和miRNA与该元件的结合,促进CHD3基因mRNA的代谢和转录后的翻译抑制,从而调节CHD3基因的表达,结构变异导致CHD3基因的异常表达和积累,可能与香猪皱皮形成有关.
文献关键词:
香猪;CHD3基因;结构变异;皱皮
作者姓名:
黄月丽;冉雪琴;牛熙;李升;黄世会;王嘉福
作者机构:
贵州大学农业生物工程研究院,山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室,贵阳550025;贵州大学生命科学学院,贵阳550025;贵州大学动物科学学院,高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,贵阳550025
文献出处:
引用格式:
[1]黄月丽;冉雪琴;牛熙;李升;黄世会;王嘉福-.香猪CHD3基因3'-侧翼区264 bp结构变异的研究)[J].中国畜牧兽医,2022(08):3026-3035
A类:
CHD3,chromodomain,RBPsuite,SINE,Chr12
B类:
香猪,侧翼区,bp,结构变异,染色质,质调节,解旋酶,结合蛋白,helicase,binding,protein,皱皮,大白猪,UCSC,miRBase,miRanda,软件预测,基因结构,复元,miRNA,结合位点,变异位点,基因分型,Excel,成群,基因型频率,等位基因频率,x2,检验分析,Hardy,Weinberg,blotting,生物信息学分析,tRNA,该片,猪群,ID,杂合,DD,异在,多态性,群体分布,分布频率,不平衡状态,猪皮,异常表达
AB值:
0.210955
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